1、门诊补偿。参合农民在定点医疗机构门诊就医，其医药费用，可按县市制定的门诊补偿办法及补偿程序，获得补偿，但在非定点医疗机构就医的不予补偿。

2、住院补偿。参合农民因病需住院治疗，必须在合作医疗定点医疗机构住院，其补偿方式及补偿比例，需按县市制定的实施细则（方案）要求进行补偿。

（1）参合农民在定点医疗机构住院治疗所发生的医疗费用，首先扣除起付标准规定的数额，再扣除超出基本用药目录范围的药品费和有关特殊检查费后，按比例补偿。起付标准，按不同级别的医疗机构确定。越是基层医疗机构，起付标准越低．越是上级医疗机构，起付标准越高。

确定起付标准，是按一级医院（乡镇卫生院）、二级医院（县市级医院及部分州级医院）、三级医院和省级及以上医院四个等级划分的。

（2）参合农民在定点医疗机构住院发生医疗费用，减去起付标准的金额。再减去应当自付的部分金额，就是计算补偿的范围。以此为基数。按补偿比例计算出应当补偿参合人的具体数额。

具体补偿比例，也是按照一级医院、二级医院、三级医院和省级及以上医院级别确定的。具体比例分别为60％、50％、30％、20％。个别县市在制定方案时，适当提高了基层定点医疗机构的补偿比例，属正常情况。

一、新农合报销流程的结报程序

（一）在县内定点医疗机构门诊就诊的医药费在就诊医疗机构刷卡报销。定点医疗机构要每月汇总并及时填报《新型农村合作医疗门诊医药费报销一览表》和《新型农村合作医疗门诊医药费申请核拨表》，向县农医办办理费用审核拨付手续。

（二）在县内定点医疗机构住院诊治，可以享受新型农村合作医疗资金报销的部分费用，在办理出院手续时，由就诊定点医疗机构刷卡报销。定点医疗机构要每月汇总并及时填报《新型农村合作医疗住院费用一览表》和《新型农村合作医疗住院费用申请核拨表》，向县农医办办理费用审核拨付手续。

（三）在县外医保定点医疗机构门诊、住院诊治，先由参合人员垫付一切费用，医疗终结后，持定点医疗单位的有效票据、汇总清单、病历卡、新型农村合作医疗卡及身份证复印件，到所在地乡镇农医办申报，由乡镇农医办上报县农医办进行审核报销。

（四）特殊病种（恶性肿瘤、结核病、精神病、再生障碍性贫血、慢性肾功能衰竭透析、系统性红斑狼疮、血友病）在县内、县外定点医疗机构门诊所发生的医药费，先由参合人垫付一切费用，医疗终结后，持定点医疗单位的有效票据、病历卡、医院证明、身份证复印件及新型农村合作医疗卡，到所在地乡镇农医办申报，由乡镇农医办上报县农医办按住院报销办法给予报销（病程较长、医疗费较高的，中途视情预报销）。

（五）已参加商业保险的人员发生的医疗费用，可持商业保险公司的理赔单和有效票据复印件按上述办法报销，但两者报销总额不得超过实际发生医疗费。