(一)确保交易的安全性和可预测性

以往法律对于判断私人文书上的签字或印章的真伪，并无一定的客观基准，而是依其具体情形而定。由于电子商务是通过计算机网络的电子信息交换来签订合同、完成交易的，它基本上属于定型的交易方式，当它记录在计算机或磁盘的载体中是具有直接的法律效力的。因此，对于电子商务所使用的签名方式，应设立具体的要件，并赋予其一定的法律效力，使得交易当事人能判断该交易的真伪，增加电子商务交易的安全性。保障电子商务的安全进行，既是电子签名法的重要任务，又是其基本原则之一。电子商务作为高效、快捷的交易工具，必须以交易安全性和可预测性为前提，它不仅需要技术上的安全措施，也离不开法律上的安全规范，如电子签名法创设这一机制，确认强化(安全)电子签名的标准、效力，规定认证机构的资格及其职责等具体的制度，在电子商务条件下，创造一个使消费者无后顾之忧、较为安全的交易环境，至少其安全程度应与传统纸面形式相同。

(二)确保中立原则

电子商务既是一种新的交易手段，同时又是一个新兴产业。各种利益团体和参与者，包括硬件制造商、软件开发商、信息供应商、消费者等都想参与其中，在这无比广阔的舞台上一展身手，谋取便利。而要达到各方利益的平衡，实现公平的目标，就要确保技术中立和实施中立。从世界范围上看，发达国家对于电子签名、认证制度，大多利用公开密钥加密方式的数字签名为主流，但考虑到相关立法为维持技术的中立性，均未局限于使用数字签名的方式。因为电子签名技术往往随着现代科技的进步而发生变化，虽然目前以数字签名为主流，但还要给未来技术的发展留下法律空间，如运用生物统计学的方法，而不能停止于现状，以致闭塞贤路。因此，为了鼓励电子签名新技术的研究和开发，确保使用者有自由选择电子签名技术的权利，日本《电子签名法》的架构并不规范具体的电子签名技术，旨在保持该技术的中立性。其架构之所以采取数字签名为主，主要是便于具体的电子签名制度真正落到实处，同时也给其制定相关规定留下余地，以适应电子签名技术发展的要求。

在实施中立方面，由于国际互联网的发展，国际间进行交易的情形日趋频繁，本国电子商务活动与跨国际性电子商务活动的法律应一视同仁，对于外国的认证机关与日本的认证机关，基于相同的标准，享受同等的待遇，相互获得认定和承认，从而简化认定审查程序。为了推动国际间从事认证的业者享受同等待遇，日本《电子签名法》明确规定，由外国的事务所作的认证业务者，可接受主管机关的认定(第15条)。日本的主管机关为总务大臣、法务大臣以及经济产业大臣。如此看来，外国的认证机关只要符合日本的认定标准，就可认定为特定的认证机关。经认定后的外国任认证机关所发行的电子证明书与日本国内任认证机关发行的电子证明书同等对待，具有相同的效力。

(三)实行认证使用者的自治原则

在电子商务交易中，《电子签名法》以自治为指导，为当事人全面表达与实现自己的意愿预留充分的空间，并提供确实的保障。鉴于认证服务机关在电子签名中扮演重要的角色，它充当判断电子文件是否真伪的功能，因此，对于该机关设置一定的法定标准，只要符合该标准，由国家对该机关颁发证明而取得该证明的认证事业机关，其所发行的电子签名成为具有法律上推定效力的电子签名。但认证事业者是否接受国家的证明，听便其自由选择，法律不作强制性的规范。对实际利用者它是否使用据有推定效力的电子签名，也任其自行决定，其目的在于消除传统法律为电子商务发展所造成的障碍，便于当事人在电子商务领域充分行使其意思自治创造条件。

当然，认证事业机关根据客户不同的需求，提供多样化的认证服务，确保使用者有权自由选择何种认证方式和认证机关，以推动认证事业的发展。具体来说，一般交易当事人可依交易的内容和价值的多寡，决定使用签名、一般印章或印鉴证明书。同理，在电子商务交易中，当事人因其交易内容、价值的不同以及成本上的考虑，决定究竟使用一般电子签名，还是据有推定效力的电子签名。而认证服务者不是提供接受国家的证明但价格较昂贵的高品质的认证服务，它能使交易双方放心，且安全系数高，就是提供未接受国家证明但价格较低廉的认证服务，在自由竞争的环境下，客户选择何种认证服务，往往基于交易成本、交易的重要性以及经营策略上的需要作出抉择。