两种发行制度的根本区别在于，注册制强调让市场决定股票的价值，行政干预应尽量减少，充分发挥市场优胜劣汰的机制和融资功能。而核准制要求监管机构提前对要求上市的企业进行价值判断，保证证券市场上均为优质上市公司，主要适用于准入和退出机制不健全、发展尚未规范的证券市场。而我国证券市场则处于制度尚未完善，却需要充分发挥融资功能的阶段。

十一五”期间，我国将通过完善市场的基础性问题来实现资本市场的飞跃。数据显示：2005年中国资本市场融资功能基本萎缩，银行贷款占到企业融资的90%以上。这不仅加剧了银行业的风险，也使证券市场边缘化的问题更加严重。因此，改革证券发行制度，扩大直接融资比重已成当务之急。

虽然从核准制过渡到注册制有助于降低政府对市场行政干预带来的效率扭曲，使更多的企业进入市场融资，解决目前资本市场融资难题，但是，从现在到完善市场的政策实施存在一个时滞，从这些政策实施到产生效果又存在一个时滞，在这两个时滞中，证券市场的环境依然不容乐观，尤其是最近的权证市场凸现证券市场的炒作之风依然盛行。在这种情况下，我们应寻求一条“中间道路”注册制与核准制并存。可以根据上市公司融资规模设定不同的发行制度。对于规模较小、筹资额较小的企业，不妨采用注册制，因为其规模有限，对证券市场的冲击较小;而对于规模较大、筹资额较大的企业实行核准制，以维持市场的稳定。

另外需要强调的是，注册制的本意是让监管当局从对市场的行政干预中脱身，加强对证券市场合规性监督，如增强对上市公司信息披露的监管等，并不是说监管部门从此放弃对市场风险的监控。尤其是在目前我国证券市场投机气氛较盛的背景下，实现从核准制向注册制过渡的过程中，必须提升其他风险防范技术。例如，完善保荐人制度，增加其连带责任，保荐人不仅要承担对拟上市企业的上市保荐责任，还要承担对上市公司的持续督导责任。保荐人严把“入门关”，发掘、培育和遴选运作规范、财务状况健康、治理结构完善、资产质量较好、盈利能力较强、成长性较高的企业，有利于从源头上保证上市公司的质量，提高上市公司的总体水平，夯实证券市场的基石。