公司处罚员工的合法方式如下：

1、公司要先确定是否有权对员工处罚：

用人单位不得对员工进行罚款，罚款是行政处罚，而用人单位没有制定罚款条例的权力。只有当因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位才可按照劳动合同的约定要求其赔偿相应的经济损失。

2、员工工作时出现过错，公司想要处罚员工的，可以采取以下办法：

（1）在劳动合同中约定违纪发放最低工资：

在劳动合同中约定员工未完成劳动定额或承包任务，公司可以发放最低工资。不过这里要注意的是，员工未按约定完成工作任务，公司发放最低工资时，不能低于当地最低工资标准。否则的话，这个条款不具有法律效力。

（2）因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失：

经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的百分之二十。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

（3）在员工手册、规章制度中明确违纪处罚规定：

在员工手册、规章制度中明确违纪处罚规定，并经公司员工同意。虽然按规定公司没有罚款的权利，但是可以在员工手册或是规章制度中规定，一旦员工出现违纪情况，可以向员工说明违纪及处罚情况。不过，这些处罚规定必须向员工们公示，并经员工同意，否则对员工无效。

（4）开除违纪员工：劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：

a、在试用期间被证明不符合录用条件的；

b、严重违反用人单位的规章制度的；

c、严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；

d、劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；

e、以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同，致使劳动合同无效的；

f、被依法追究刑事责任的。

（5）行政处分的形式对职工的行政处分分为：警告，记过，记大过，降级，撤职留用察看，开除，在给予上述行政处分的同时，可以给予一次性罚款。

公司对员工停职合法吗

用人单位不可对员工进行停职停薪，停职不合法。任何企业没有所谓的停薪停职的规定，这都是违法的，就是解除劳动合同。依照劳动合同法规定必须提前三十天书面通知，或者家发一个月工资作为代通知金。公司对员工停职，是违反劳动合同法的规定解除劳动合同。公司的行为很有可能构成“无故拖欠劳动者工资”，不仅需要在规定的时间内全额支付工资报酬，还将面临加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿的风险。虽然停职留薪是用人单位自主管理权的体现，但毕竟涉及员工的劳动权利及劳动报酬，法律法规对此有明确的规范和保障。当用人单位需要对员工处以停职查看的处分形式时，须首先明确员工的行为是否构成用人单位依法制定的规章制度中所规定的“违纪行为”；其次，该违纪行为是否可依据规章制度处以停职停薪的处分；再其次，用人单位对停职查看的管理应当设置明确、固定的期限，“查看”的标准、方法、流程，以及复职的条件、时间等。

《中华人民共和国劳动法》第四条用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。

《中华人民共和国劳动合同法（2012修正）》第三十九条劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：

（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；

（二）严重违反用人单位的规章制度的；

（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；

（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；

（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；

（六）被依法追究刑事责任的。

《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。