采用双方自行协商方式解决合同纠纷，不是由双方完全任意地进行、作为一种法律上的行为，一种既解决双方实体权利和义务法律关系又解决产生争执后如何对新的权益和责任进行重新组合，必须遵循以下基本程序。

一.原则上适用订立合同的要约和承诺的法定程序，这是因为：双方自行协商的目的是达成和解协议，而此种协议本质上还是双方意思合意形成的合同.只不过此种合同在内容上不是原来双方合同中约定的权利和义务，而是双方根据新的情形达成的协议、对权利和义务进行必要的重新组织。如：免除或减少一方的债务、解除合同、更新合同、转移债务、转让债务、转让合同等形式.所以双方自行协商的目的是变更、解除、终止原订合同或弥补原合同条款的漏洞。一殷情形是：先由因故要求弥补，变更或解除合同的一方当事人发出要约，另一方当事人可以承诺，也可以不承诺，在双方未达成新的协议时.原合同仍然有法律效力。

二.承诺方不在法律规定或原合同约定的答复期限内答复的，应视为默认要约方的提议，从而双方的和解协议成立。这是与订立合同的一般程序的不同之处，也是双方自行协商方式的特殊之处。其建立的基点在于：对于双方争议的解决期限，有的已由有关法律、行政法规作出了明确的规定，有的双方当事人已在原合同中作了约定(如约定的索赔期限)，因而，此种情形下，双方当事人应受此种约定的约束，如果任由另一方当事人对解决合同的有关提议不作答复，势必会损害提议方的利益;而规定对方在一定的期限内作出答复，也不会损害他的利益。这样，也有利于稳定当事人之间的关系，对整个经济秩序的稳定也是有利的。

三.双方当事人自行协商达成的协议的形式，原则上应与原合同的形式一致，或者采用比原合同更严格的形式，其目的在于稳定双方解决争执的成果.便于双方的自觉履行。所以一般就采用书面形式，原合同采用特殊书面形式的，例如经过有关法定机矢的批准，备案或公证机关的公证.当事人双方最后达成的和解协议也就遵循此种形式.必要时可采用比此形式更有效的形式.例如，尽管原合同没有经过公证处的公证，但和解协议可采用公证的形式。这样，也便于明确协议的合法性和真实性，从而使该协议的法律效力得到加强。