两者主要的区别是以下几点：

1、工资开支来源：正式编制人员工资由财政拨款解决；合同制人员工资由单位预算外收入中解决；

2、福利待遇：正式编制人员的福利待遇按政策规定及上级部门规定执行；合同制人员参照正式编人员标准执行，但实际上低很多或缺项；

3、正式编人员可以在事业单位之间调动；合同制人员不能；

4、正式编制人员可以提任副科级职务；合同制人员不可以。事业单位聘任制干部是没有编制的，类似于合同制职工，但福利待遇肯定是按照事业单位的，如果是公务员单位里的聘任制，如法院的聘任制书记员职位，那是按照公务员的待遇；

5、合同制人员随时会被辞退；正式编制人员如无错误必须要工作满合同年限才能辞退。正式编制人员一般一签就是3到5年的工作时间；

6、正式编制人员需要每年去人事局缴纳人事代理费用；合同制人员不用；

7、法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》

第十一条用人单位未在用工的同时订立书面劳动合同，与劳动者约定的劳动报酬不明确的，新招用的劳动者的劳动报酬按照集体合同规定的标准执行；没有集体合同或者集体合同未规定的，实行同工同酬。

第七十二条非全日制用工小时计酬标准不得低于用人单位所在地人民政府规定的最低小时工资标准。

非全日制用工劳动报酬结算支付周期最长不得超过十五日。

一、临时工的相关规定

1、非全日制用工，是指以小时计酬为主，劳动者在同一用人单位一般平均每日工作时间不超过四小时，每周工作时间累计不超过二十四小时的用工形式；

2、非全日制用工双方当事人可以订立口头协议；

3、从事非全日制用工的劳动者可以与一个或者一个以上用人单位订立劳动合同；但是，后订立的劳动合同不得影响先订立的劳动合同的履行；

4、非全日制用工双方当事人不得约定试用期；

5、非全日制用工双方当事人任何一方都可以随时通知对方终止用工。终止用工，用人单位不向劳动者支付经济补偿；

6、非全日制用工小时计酬标准不得低于用人单位所在地人民政府规定的最低小时工资标准；

7、非全日制用工劳动报酬结算支付周期最长不得超过十五日。

8、临时工和正式工名义上是同工同酬，实际上临时工的福利是比正式工差很多的，并且临时工的聘用合同基本上只有3-5年，而正式工的年限会比临时工长的多。但是临时工单位也是会为其缴纳五险一金的。