1、办理施工合同备案有时间限制如果是依法必须进行施工招标的工程，则需要在招标文件发出的同时就办理备案手续。

相关法律规定：《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》

第十八条依法必须进行施工招标的工程，招标人应当在招标文件发出的同时，将招标文件报工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。建设行政主管部门发现招标文件有违反法律、法规内容的，应当责令招标人改正。

2、一般的施工合同，则需要在施工合同竣工、验收合格之后，再办理备案手续。

《建设工程质量管理条例》

第十六条建设单位收到建设工程竣工报告后，应当组织设计、施工、工程监理等有关单位进行竣工验收。

第四十九条

建设单位应当自建设工程竣工验收合格之日起15日内，将建设工程竣工验收报告和规划、公安消防、环保等部门出具的认可文件或者准许使用文件报建设行政主管部门或者其他有关部门备案。

建设行政主管部门或者其他有关部门发现建设单位在竣工验收过程中有违反国家有关建设工程质量管理规定行为的，责令停止使用，重新组织竣工验收。

一、已经备案了的合同若是发生变更，需要办理备案手续吗？

1、已经备案了的合同若是发生变更，需要办理备案手续。

《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》

第十九条招标人对已发出的招标文件进行必要的澄清或者修改的，应当在招标文件要求提交投标文件截止时间至少15日前，以书面形式通知所有招标文件收受人，并同时报工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。该澄清或者修改的内容为招标文件的组成部分。

2、合同备案需要提交的材料

（1）《建设工程施工分包合同备案申请表》原件；

（2）合同正式文本一式4份原件；

（3）合同当事人法定代表人证明书原件，法定代表人授权签订合同的，还应提交法定代表人授权委托书原件；

（4）招标工程，应提交招标文件和“建设工程招标（发包）程序完成证明书”或“中标通知书”复印件（核原件）；

（5）非招标工程，应提交经注册造价工程师签字，并加盖注册执业专用章及编制单位公章的工程预算书原件，同时需提交该注册造价工程师注册证复印件；

（6）建设单位与施工总承包企业签订的已办理备案手续的施工总承包合同复印件；

（7）建设单位同意工程分包的证明原件（劳务分包或已在总承包合同中约定分包的专业工程可不提供）；

（8）分包工程承包人为外地企业的，应提交其资质证书，以及项目经理（建造师）资格证书复印件（核原件）；

（9）非招标工程，应提供分包工程承包人安全生产许可证、项目经理安全生产考核合格证复印件（核原件）。