1、适用法律不同。驳回起诉适用程序法；而驳回诉讼请求既可适用程序法，又可适用实体法。

2、适用的诉讼主体不同。驳回起诉适用的诉讼主体是单一的；而驳回诉讼请求适用的主体是多元的。

3、采用的裁判形式不同。驳回起诉应当采用裁定形式；驳回诉讼请求应当采用书面判决。

4、适用阶段不同。驳回起诉通常是在人民法院立案后；驳回诉讼请求是在人民法院依照程序法规定的诉讼程序审理完毕阶段时适用。

5、适用的内容和目的不同。驳回起诉是人民法院立案后经审查查明原告的起诉不符合法律规定，法院依法驳回原告的起诉权利；而驳回诉讼请求是人民法院立案审理后，认定诉讼主体的诉讼请求或主张证据不足或者超过诉讼时效又无中止、中断、延长事由的以及其他依法不予保护的诉讼请求或主张判决予以驳回。

6、法律后果不同。驳回起诉的裁定发生法律效力后，原告再次起诉的，如符合起诉条件，人民法院应予以受理；驳回诉讼请求的判决书生效后，诉讼主体不能就同一诉讼请求和事实向人民法院重新提出诉讼，若当事人仍坚持向人民法院提起诉讼的，人民法院应依法裁定不予受理。

一、起诉期限的性质

首先需要说明的是，行政诉讼法及最高人民法院的相关司法解释从未使用“诉讼时效”这一概念，而是用“起诉期限”、“法定期限”的法律用语。如《行政诉讼法》第四十八条规定，公民、法人或者其他组织因不可抗力或者其他不属于其自身的原因耽误起诉期限的，被耽误的时间不计算在起诉期限内。再如2002年10月1日最高人民法院实施的《关于行政诉讼证据若干问题的规定》第四条第3款规定，被告认为原告起诉超过法定期限的，由被告承担举证责任。相比于诉讼时效制度，起诉期限是行政诉讼法上特有的一项制度。

二者之间的区别表现在以下几点：

第一，适用领域不同。诉讼时效是民事法律上的规定，该项制度主要目的是督促权利人及时行使民事权利，稳定平等主体之间悬而未决的法律关系。如日常生活中最常见的民间借贷纠纷，债权人主张债权的诉讼时效为知道或应当知道权利受侵害之日起三年。债权人在此期限内主张债权，应受法律保护。然而，起诉期限的主要制度目的，在于维护既存的行政法律关系，通俗点讲，就是“过去的事就让它过去吧”。这是因为，政府的行政管理具有及时性要求，毕竟效率是政府行政的生命线。一定意义上说，建设高效政府就是在维护公共利益。

第二，超期后的法律效果不同。在民事诉讼中，超过诉讼时效起诉，原告丧失胜诉权，但并不丧失诉权。也就是说，原告超过诉讼时效起诉，法院仍应受理，并进行案件实体审理。只是，在案件审理过程中，被告方提出诉讼时效抗辩，法院在查明案件不存在诉讼时效中止、中断、延长事由时，并且确已超过时效期间，法院应当判决驳回原告的诉讼请求。然而，行政诉讼中的起诉期限是原告提起诉讼的法定起诉条件之一。若超过法定起诉期限，原告丧失诉权，即请求司法救济的权利。对于原告超过法定起诉期限的起诉，法院应当裁定不予受理或驳回起诉。值得说明的是，此时法院一定是作出裁定书，因为此时法院对案件只是进行程序性审查，而该裁定对案件实体问题不具有拘束力。

第三，适用方式不同。如上所述，权利人超过起诉期限起诉，并不丧失诉权，只是使被告方获得时效抗辩权的效力。如果被告在诉讼过程中不提出时效抗辩，法院是不能主动以超过诉讼时效为由，驳回原告的诉讼请求，也不得主动向被告释明案件的时效问题。然而，起诉期限是行政诉讼的法定起诉条件，法院在受理案件之后应主动进行程序性审查。