1、域名主体的唯一性与商标主体多元性之间的矛盾。由于技术上的限制，在全球范围内，域名是绝对唯一的，一个域名不可能由多个所有人同时各自享有，而商标不必如此，除驰名商标外，商标在不同类别的商品、服务上可以是相同的，又由于商标只在核准国内有效力，只要两国未加入相同的商标国际条约或双边国际条约，则同一商标可同时并存于两国的同种类商品服务上，正是由于这矛盾，拥有相同商标的主体不能同时各自拥有以该商标命名的同一域名，引起了商标和域名的冲突。常见的纠纷就是因特网用户使用的域名正好是另一公司的注册商标，甚者，同一商标的两个合法拥有者都想以他们的商标做域名。

2、开放型注册原则的结果.域名的申请是实行“先申请，先注册”的原则。域名注册机构仅对域名注册申请人申请材料进行真实性审查，而不负责对域名是否侵犯他人在先商标专用权益进行实质审查，由此，域名注册服务仅提供的是技术服务。如我国《互联网域名注册暂行管理办法》23条规定“各级域名管理单位不负责向国家工商行政管理部门及商标管理部门查询用户域名是否与注册商标或企业名称相冲突，是否侵害了第三者的利益。任何因这类冲突引起的纠纷，由申请人自己负责并承担法律责任”，这样的规定虽然为了适应网络化的发展，但也产生了弊端，因为这样的规定也就意味着抢注人可以不受任何阻碍实施抢注行为，即无法有效地提前预防域名权和商标权冲突的发生。

3、商业利益的影响。域名本没有任何商业价值，但随着电子商务的发展，其商业价值日益显现，它已经成为企业商品、服务的电子商标，是知识产权的客体，代表了商誉，可以创造巨大利益的无形资产。与商标不同的是一个用于虚拟的网络世界，一个用于真实的现实生活。然而，现有的商标商号是有限的，而域名不能重复，必然是有限的商标域名的供给与无限的域名需求发生矛盾，有些人就以抢注来强占那些热门的域名资源，而后卖给商标权人。随着我国信息产业的发展，商业利益的驱动，此类纠纷会有所增加。

4、法律体制不完善。我国现有的法律对域名与商标的纠纷问题还没有明文规定，这使得对于域名的性质、域名与商标的关系存在很多模糊的认识和分歧由于没有具体的操作方法、没有明确的责任承担方式、规则，也就无法形成法律的威慑作用并建立行之有效的预防机制。虽然我国也颁布了一些相关方面的法律法规，但总的来说数量比较少，而且面对急速发展的网络世界，所制订的法律法规又显得相形见绌了。2001年最高人民法院《关于审理涉及计算机网络域名民事纠纷案件使用法律若干问题的解释》是目前唯一涉及域名纠纷的法律文件，相对快速发展的信息产业和网络经济，仍然缺乏力度。法律的不健全也是域名与商标纠纷产生并增加的原因之一。