1、限制加重原则的适用

根据《中华人民共和国刑法》第69条第1款的规定，限制加重原则只适用于有期徒刑、拘役和管制。所谓“限制加重”，在数罪总和刑罚以内进行限制，在数罪中最高刑期以上加重;同时，对于不同有期自由刑，法律还特别规定最高限度，即管制最高不能超过3年，拘役最高不能超过1年，有期徒刑最高不能超过20年。

以有期徒刑为例，如果总和刑罚不超过20年的，即在该总和刑罚以内进行限制;如果总和刑罚超过20年的，则应执行的刑期不能超过20年。在上述幅度内，法院酌情决定应执行的刑期。

2、吸收原则的适用

根据《中华人民共和国刑法》第69条的规定，对于数罪中判有死刑、无期徒刑的，则应执行的刑罚最终应为死刑(包括死刑立即执行和死刑缓期执行)、无期徒刑;对于其他犯罪仍应予以定罪量刑并在判决中予以体现，但是在确定应执行的刑罚时并不考虑。这样处理的说服力在逻辑上是清楚的，但是在具体个案可能会产生罪刑不平衡的看法。

实际上，从来就不存在也不可能存在绝对的罪刑相称;数罪并罚制度的作用只能起到相对平衡的作用，它的效果是对犯罪人给予一个综合性的评价，与其犯罪行为的危害与犯罪人格达到一个相适应的对称。

刑罚的确定不应仅仅限于对犯罪行为的客观危害的衡量，而应主要考虑通过犯罪行为及罪前、罪后的表现来给犯罪人的一个总体的人格评价从而选择相适应的刑罚量。对于在执行中是否给以减刑、假释也应考虑被执行人的人格，缩减刑罚量即是恰当的;反之，即不能予以缩减。

是否适用减刑、假释应与被执行人的被改造程度相关，而与其已犯罪的轻重并不直接相关。

3、并科原则的适用

根据《中华人民共和国刑法》第69条第2款的规定，如果数罪中有判处附加刑的，附加刑仍须执行。从法条上表述分析，其仅指主刑与附加刑的并罚。对于不同种附加刑的并罚和同种附加刑之间的并罚，法律并没有给予明确回答。

数罪并罚的最终服刑年限法官也有自由裁量权，但是法律上也对数罪并罚的服刑上限做出了限制。其实，对这些被数罪并罚的罪犯来讲，在服刑期间当然也有减刑的机会。至于最高刑期，拘役、管制和有期徒刑的最高刑期都不一样。