1、企业以吸收合并方式改组，被吸收的企业和存续企业符合纳税人条件的，应分别进行亏损弥补。合并前尚未弥补的亏损，分别用其以后年度的经营所得弥补，但被吸收的企业不得用存续企业的所得进行亏损弥补，存续企业也不得用被吸收企业的所得进行亏损弥补。

2、企业以新设合并方式以及以吸收合并方式合并，且被吸收企业按规定不具备独立纳税人资格的，各企业合并前尚未弥补的经营亏损，可在税收法规规定的弥补期限的剩余期限内，由合并后的企业逐年延续弥补。

关于亏损弥补的比较的分析

按照《企业所得税法》的规定，企业纳税年度发生的亏损，准予向以后年度结转，用以后年度的所得弥补，但结转年限最长不得超过五年。财税［2000］91号文也规定：合伙企业的年度亏损，允许用本企业下一年度的生产经营所得弥补，但最长不得超过5年。根据上述规定，公司制企业与合伙企业的亏损弥补政策总体上是一致的。但是，这种一致性是否合理还值得研究，因为合伙企业具有较高的风险特征，对合伙企业的亏损是否可以考虑向前结转一定年限（如3年）弥补退税，或向后结转弥补时延长补亏期限。以加拿大为例，该国有限合伙企业的亏损可以无限期地结转到以后年度，冲减以后年度的合伙企业所得。

下面再对投资人的亏损弥补进行分析。

我国目前的个人所得税制度为分项税制，而并非综合税制，它不以一名纳税人或其家庭为单位综合其全年各种来源的收入，也没有综合考虑其减免和费用扣除计算所得。这在针对单项所得征税的规定上都有所体现。假设一名自然人张某投资于一家合伙企业A，占伙比例为90％，208年实现所得60万元，同时，张某又投资于另一家合伙企业B，占伙比例为80％，B企业年度亏损100万元。财税［2000］91号文第十四条规定：投资者兴办两个或两个以上企业的，企业的年度经营亏损不能跨企业弥补。据此，208年张某须就A企业的所得54万元缴纳个人所得税。209年，张某从A企业又实现所得60万元，当年将B企业清算，清算后的投资损失为90万元，张某仍须就A企业的所得54万元缴纳个人所得税。同理，如果张某是一普通合伙人，投资于某一合伙企业发生失败并因此而承担无限责任，但张某个人承担的这部分民事责任并不能抵销其个人其他项目的应税所得（例如张某当年的财产转让所得）。而如果张某投资的A、B企业均为有限公司，只要2008年度对股东不作利润分配，便不产生张某个人所得税成本，对B公司投资失败也不会招致无限责任。2009年度，如果将A、B两家企业合并，则B公司的未分配利润（负数）自然与A公司的留存收益相抵，对应地减少了张某的终极所得及未来的股息、红利个人所得税。由此可见，自然人设立合伙企业，特别是作为普通合伙人设立合伙企业，现行税收政策还须兼顾公平，考虑合伙企业的亏损如何抵减合伙人的所得问题。

如果公司制企业投资于另一家公司或投资于一家有限合伙企业而发生损失，产生的所得税影响应无差异。只不过是新《企业所得税法》实施后，投资损失在税前扣除的具体办法尚未明确。