(一)本罪在司法认定上存在的问题

1、本罪犯罪主体的界定

根据《刑法修正案(八)》的规定，本罪的主体是一般主体，即年满十六周岁，具有刑事责任能力的人均可构成，此外，包括公司、企业事业单位。对单位犯本罪的,参照对单位的处罚原则进行处罚。本文主要针对特殊情况下本罪的犯罪主体如何界定进行探讨：第一，关于哪些属于单位犯罪可以根据相关的规定得出，本文特别要说明的是在实践中的一些特殊个人和单位，如个体工商户犯本罪的，是作为自然人犯罪还是单位犯罪处理的问题。笔者认为，因为“个体工商户以户的名义进行民事活动，享有民事权利和负担民事义务。”而且，根据我国《民法通则》的规定，个体工商户是以其自然人个体以自己财产或家庭财产承担债务的。究竟谁是犯罪主体就比较复杂，需要法律解释进一步明确。

2、“有关部门”的界定

《刑法修正案(八)》规定，“恶意欠薪”的行为，还需要“经政府有关部门责令支付仍不支付”的，才构成犯罪，该规定不太明确，“政府有关部门”指的是哪个或那些部门，需要进一步做出说明。笔者认为，“政府有关部门”主要是指劳动行政部门，不应将劳动争议仲裁委员会和法院包括在内。根据《劳动合同法》规定，劳动行政部门是劳动合同制度实施的监督管理部门。根据相关法律法规来看，劳动争议仲裁委员会既不属于政府的下属部门，也不是劳动行政部门的主管部门，而是经国家授权处理劳动争议的准司法性的专门机构。法院则是司法部门，也不属于政府的下属部门。所以，该款规定中的“有关部门”不应包括劳动争议仲裁委员会和法院。

3、时间、数额及“严重后果”等的界定

依据拒不支付劳动报酬罪的条文可以看出，“拖欠时间”、“数额较大”、“严重后果”等的法律适用标准和具体内容并没有在条文中明确予以规定，现也没有相关的司法解释作为依据，而这些内容都是认定行为人的行为是否构成犯罪的依据，故需要法律或解释予以明确。何谓“严重后果”的问题，可以借鉴现有的其他罪名中“造成严重后果”的司法认定和司法解释的规定，即具有以下几种情况之一的可以认定为“严重后果”：第一，从对劳动者造成伤害的角度上看，如造成劳动者或家人自杀、自伤、精神失常，对劳动者的人身、家庭安全、生活造成严重伤害。第二、从对社会造成的影响来看，如果劳动者聚集上访严重影响社会秩序，导致严重罢工事件，造成与公共利益和民生有密切关系的企业停产致使公共利益或群众生活受到了严重损害，或易诱发群众对社会和政府产生不满情绪，成为社会不稳定因素的。

(二)追究本罪刑事责任方面存在的问题

1、劳动者启动追究本罪的意识不强

我国自古以来就有“杀人偿命，欠债还钱”的说法。在“恶意欠薪”行为入罪后，法学界对该罪犯罪情形的判断标准尚有争论。许多专家学者都无法对此作出准确的判断，且在法学界也是存在争议的，更何况受信息资源、能力限制的劳动者。劳动者一般仅知道拿不到劳动报酬就无法解决生计，而无法对欠薪者的行为是否构成犯罪作出判断。同时，不管劳动者是向人民法院直接提起“讨薪”之诉还是向公安机关报“拒不支付劳动报酬”之案，其最终的目的和要求只是要欠薪者依约支付劳动报酬。

2、本罪将免除刑事处罚的时间点定在“提起公诉前”具有合理性

《刑法》第276条第三款规定：“有前两款行为，尚未造成严重后果，在提起公诉前支付劳动者的劳动报酬，并依法承担相应赔偿责任的，可以减轻或者免除处罚。”该款规定被认为是“拒不支付劳动报酬罪”的减轻和免责事由，人民检察院可以依据该款规定作出不起诉决定。有很多专家学者对该项规定的时间点持反对的意见，此类案件由公安机关立案侦查和检察院起诉等环节后，如果在起诉前支付劳动者报酬被免于追究刑事责任，则会极大浪费司法资源。