专门管辖，是指各种专门人民法院审判刑事案件的职权范围。它解决的是哪些刑事案件应当由哪些专门人民法院审判的问题。

根据人民法院组织法的规定，我国设立军事法院等专门人民法院。目前已建立的受理刑事案件的专门人民法院有军事法院、铁路运输法院。

刑事诉讼法第28条规定：专门人民法院案件的管辖另行规定。在司法实践中，军事法院管辖的刑事案件，主要是现役军人和军内在编职工违反刑法分则第十章，犯军人违反职责罪的犯罪案件。铁路运输法院管辖的刑事案件，主要是铁路运输系统公安机关负责侦破的刑事案件，如危害和破坏铁路交通和安全设施的犯罪案件，在火车上发生的犯罪案件，铁路职工违反规章制度、玩忽职守造成严重后果的犯罪案件等。

司法实践中，存在军队和地方互涉案件的管辖权争议问题，应该依据相关的司法解释，分别不同情况处理：

1、现役军人(含军内在编职工，下同)和非军人共同犯罪的，分别由军事法院和地方人民法院管辖；涉及国家军事秘密的，全案由军事法院管辖。

2、地方人民法院或者军事法院以外的其他专门法院管辖以下案件：

(1)非军人、随军家属在部队营区犯罪的；

(2)军人在办理退役手续后犯罪的；

(3)现役军人入伍前犯罪的(需与服役期内犯罪一并审判的除外)；

(4)退役军人在服役期内犯罪的(犯军人违反职责罪的除外)。

二、中级法院管辖的案件有哪些？

1、专利、海关案件，即有关确认发明、专利权及海关处理的案件。因为专利、海关设置特殊，一般的行政机关全国普遍设置，专利、海关机关只设在业务需要的地方，另外专利、海关有一些专业性技术要求，所以需要提高审级。

2、省、部级行政机关为被告的行政诉讼。被告的行政级别较高(省一级、国务院各部委、各直属机构)，所以客观上基层法院管辖比较难，需要提高审级。

3、重大复杂的案件，即影响重大、案情复杂的案件。

最高法院司法解释对“重大复杂”进一步界定，以下几类案件属于重大复杂：

1、被告为县级以上人民政府，且基层法院不适于审理。省、部级行政机关为被告的，属于法定的中级人民法院管辖；省、部级以下、县级以上行政机关为被告的，由中级法院管辖是可能性，其还有一个基层法院不适于审理的条件。

2、集团诉讼、共同诉讼。现实活动中，一个行政行为为了公共利益，可能涉及到很多人，很多人都起诉，则涉及到集团诉讼、共同诉讼。多人诉讼较为复杂，所以提高审级。

3、重大的涉外案件，以及涉及到香港、澳门特别行政区和我国台湾地区的案件。

4、其他重大复杂案件。例，行政诉讼受案范围扩展到国际贸易行政案件，如反补贴、反倾销等，此种案件涉及国际贸易，涉外，所以由中级法院管辖。例，诉讼标的比较大的，其考虑问题较多，所以可能属于其他重大复杂案件范畴。