1、导致诉讼拖延。一般启动重新鉴定程序后，法院会对案件中止审理，视鉴定情况再恢复审理。

但是，如果重新鉴定中，被鉴定人不配合鉴定，鉴定是无法进行的，由于鉴定结论迟迟无法确定，导致案件久拖未决，甚至会导致案件超审限、超期羁押。

2、影响案件审理。鉴定结论可以直接证明被害人或当事人的伤残等级；

影响到犯罪嫌疑人是否有罪，罪重罪轻或当事人承担的民事责任大小，赔偿金额等。鉴定结论对于案件的审理有着十分重要的意义。

3、引发涉诉信访问题。被鉴定人不配合鉴定，导致重新鉴定无法进行，除了对案件本身有很大的影响外，还容易引发涉诉信访问题。

由于被鉴定人不配合鉴定，另一方当事人又对原有的鉴定结论持有合理怀疑，最后案件的审理结果必然无法让当事人信服。

一、交通事故开庭审理程序

开庭前：提前三日以上通知当事人和其他诉讼参与人，法定公开审理的案件还需公告案件的基本信息。

开庭时：

（一）由书记员查明到场人员并宣读法庭纪律。

（二）法庭调查，法庭调查依顺序进行。依次为当事人陈述；证人作证，书证、物证、视听资料和电子数据的出示；鉴定结论的宣读；勘验笔录的宣读。期间当事人可以提出新证据，经许可向证人、鉴定人和检验人进行提问并要求重新鉴定或是检验。

（三）法庭辩论，法庭辩论依顺序进行。依次为原告方发言；被告方发言和答辩；第三方发言或答辩；各方相互辩论。之后，审判长征询各方最后意见。开庭期间可因法定事由而使案件延期审理，包括：缺少必须到庭的当事人或是诉讼参与人；出现对法庭审判人员合法的回避事由；新的证人需通知到庭，新的证据需调取，有需要重新鉴定、勘验情况，或有补充调查需要的。

（四）法庭笔录，法庭笔录须宣读后经当事人和其他诉讼参与人签名或者盖章。

（五）宣判，人民法院根据案件的情况，决定当庭宣判或定期宣判。

（六）审期普通程序案件开庭审理期限为6个月，必要时，经院长批准可以延长6个月。

开庭审理结束后，等待判决书的下达以及判决的执行等。

二、申请笔迹鉴定法院不同意怎么办

申请笔迹鉴定法院不同意的话可以向上级主管部门投诉，只要依法申请法院一般都会同意的。根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二十五条规定：当事人申请鉴定，应当在举证期限内提出。符合本规定第二十七条规定的情形，当事人申请重新鉴定的除外。

对需要鉴定的事项负有举证责任的当事人，在人民法院指定的期限内无正当理由不提出鉴定申请或者不预交鉴定费用或者拒不提供相关材料，致使对案件争议的事实无法通过鉴定结论予以认定的，应当对该事实承担举证不能的法律后果。

第二十六条当事人申请鉴定经人民法院同意后，由双方当事人协商确定有鉴定资格的鉴定机构、鉴定人员，协商不成的，由人民法院指定。

第二十七条当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定，提出证据证明存在下列情形之一的，人民法院应予准许：

(一)鉴定机构或者鉴定人员不具备相关的鉴定资格的；

(二)鉴定程序严重违法的；

(三)鉴定结论明显依据不足的；

(四)经过质证认定不能作为证据使用的其他情形。

对有缺陷的鉴定结论，可以通过补充鉴定、重新质证或者补充质证等方法解决的，不予重新鉴定。

第二十八条一方当事人自行委托有关部门作出的鉴定结论，另一方当事人有证据足以反驳并申请重新鉴定的，人民法院应予准许。