双方已盖章的合同可以通过签订补充协议或者解除作废，具体方法如下：

1．当事人签定一份终止原合同的补充协议，书写关于合同作废情况的说明，约定原合同的相关条款被废止，并对废止后合同中未履行的和已经履行的内容做出妥善的安排。

2．一方可以与另一方协商一致解除合同，合同中约定或法定的解除条件发生后，一方可以向另一方送达通知，通知到达对方时解除合同。

合同作废原合同怎么处理

合同作废原合同怎么处理，需视情况而定：

1、一般情况下，只要合同的履行不存在什么问题，顺利按照双方签订的合同执行，那么作废合同自行处理。部分履行后，双方对合同作废达成一致，并且对后续工作处理方案也都满意的话，为防止产生不必要的纠纷，合同应当保留到处理方案，作废后，除履行部分外，双方签订的合同其它内容均不再履行；

2、如果担心不太保险可以加盖作废章，或签订一份合同作废的协议，也可以在双方证人见证下销毁合同，合同尚未履行，作废后的合同在双方的见证下须及时销毁；部分履行后，双方对合同作废达成一致，并且对后续工作处理方案也都满意的话，为防止产生不必要的纠纷，合同应当保留到处理方案完成后再销毁作废合同比较合适。

法律依据：《中华人民共和国民法典》第五百一十条

合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。

第五百六十六条

合同解除后，尚未履行的，终止履行；已经履行的，根据履行情况和合同性质，当事人可以请求恢复原状或者采取其他补救措施，并有权请求赔偿损失。

合同因违约解除的，解除权人可以请求违约方承担违约责任，但是当事人另有约定的除外。

主合同解除后，担保人对债务人应当承担的民事责任仍应当承担担保责任，但是担保合同另有约定的除外。

《民法典》第五百一十条

合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。

第五百六十二条

当事人协商一致，可以解除合同。当事人可以约定一方解除合同的事由。解除合同的事由发生时，解除权人可以解除合同。

第五百六十三条

有下列情形之一的，当事人可以解除合同：

（一）因不可抗力致使不能实现合同目的；

（二）在履行期限届满前，当事人一方明确表示或者以自己的行为表明不履行主要债务；

（三）当事人一方迟延履行主要债务，经催告后在合理期限内仍未履行；

（四）当事人一方迟延履行债务或者有其他违约行为致使不能实现合同目的；

（五）法律规定的其他情形。

以持续履行的债务为内容的不定期合同，当事人可以随时解除合同，但是应当在合理期限之前通知对方。