一是工伤认定程序中劳动保障行政部门直接进行劳动关系确认具有法律依据。《工伤保险条例》第十八条第二项规定：“提出工伤认定申请应当提交下列材料：与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料。”表面看来，它是要求当事人举证，其实是授予劳动保障行政部门对当事人提交的证明劳动关系的所有材料进行审查和判断，从而对当事人双方劳动关系（包括事实劳动关系）存在与否进行确认的权利。对此，最高人民法院行政审判庭在《关于劳动行政部门在工伤认定程序中是否具有劳动关系确认权请示的答复》（［2009］行他字第12号）中明确：“根据《劳动法》第九条和《工伤保险条例》第五条、第十八条的规定，劳动行政部门在工伤认定程序中，具有认定受到伤害的职工与企业之间是否存在劳动关系的职权。”基于此，在工伤认定程序中，单位对劳动关系提出异议的，劳动保障行政部门应调查核实，责令单位提供其掌握管理的与证明劳动关系有关的材料等，进而对劳动关系存在与否进行确认。另外，即使用人单位对劳动关系不提异议，劳动保障行政部门也应主动审核调查，以防当事人双方合伙骗取工伤保险基金。二是正确理解”因确认劳动关系发生的争议”适用《劳动争议调解仲裁法》。《劳动争议调解仲裁法》第二条第一项规定，“因确认劳动关系发生的争议”适用本法；第五条规定，”发生劳动争议……可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁……“，即法律授予劳动争议仲裁机构对劳动关系争议具有确认权。不过，并非凡因确认劳动关系发生的争议必须由其处理，正如前述，工伤认定程序中发生的劳动关系争议应由劳动保障行政部门审查并作出确认；其他可由劳动争议仲裁机构作出确认，如请求给付工资时所发生的劳动关系争议。三是及时保护受伤害职工权益之所需。对劳动关系存有争议的准工伤案件，若由劳动争议仲裁机构对劳资双方的关系进行确认，再到人民法院起诉、上诉、申请再审，正常时间约1年；若劳动保障行政部门利用职权调查核实，确认劳动关系，进而做出因工负伤的决定，我国的法律对工伤者的相关赔偿有着详细的说明，一旦相关劳动者受到工伤时，可以要求相关的劳动单位对自身的工伤进行相应的赔偿。我国的劳动部门可以对相关的工伤进行劳动仲裁的前置处理，以保护我国的劳动者的相关合法权益不受影响。