公司发放工资时，发现金还是直接打卡只是工资发放方式上的区别，不影响个人所得税的计算。即如果工资数额达到缴纳条件，公司应当依法予以扣缴。

一、5000以上怎么扣税

工资5000以上的扣税的标准是有分级的，每一个级别的纳税比例和速算扣除数都不一样。居民个人综合所得应纳税额的计算公式应为个人全年应纳税所得额乘适用税率减速算扣除数等于（全年收入额减60000元减社保、住房公积金费用减享受的专项附加扣除减享受的其他扣除）乘适用税率减速算扣除数。超过5000的工资纳税分级表如下：

1、全年应纳税所得额不超过36000元的，税率为3%，速算扣除数为0；

2、全年应纳税所得额超过36000元不超过144000元的部分，税率为10%，速算扣除数为2520；

3、全年应纳税所得额超过144000元不超过300000元的部分，税率为20%，速算扣除数为16920；

4、全年应纳税所得额超过300000元不超过420000元的部分，税率为25%，速算扣除数为31920；

5、全年应纳税所得额超过420000元不超过660000元的部分，税率为30%，速算扣除数为52920；

6、全年应纳税所得额超过660000元不超过960000元的部分，税率为35%，速算扣除数为85920；

7、全年应纳税所得额超过960000元的部分，税率为45%，速算扣除数为181920。

二、经济补偿金一定要交个人所得税吗?

经济补偿金如果达到一定标准，是要缴纳个人所得税的。个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入（包括用人单位发放的、生活补助费和其他补助费用），其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过的部分按照法律规定，计算征收个人所得税。

三、公司每月20号发工资是否违法

公司每月20号发工资不违法，只要是在约定或规定时间内（以一个月为限）发放了工资即合法。至于哪天发，法律没有明确规定。因此由用人单位自行决定何时发放。

如果约定了工资发放日而却违反约定20号发则属违约，如果平日都是按期发放只是一次或少许几次因其它正当原因而延期发，且说明原由的则法律允许的。如果约定的是20号发，这是合法的，因为工资发放日本来就是双方自由约定。