(一)当事人面临的两难：起诉难。

不少受害人受传统意识的影响，很少想到或根本不知道通过诉讼手段保护自己的合法权益，甚至不少群众受惯性思维的驱使，认为只有民事案件可以到法院直接起诉立案，刑事案件只有通过公安机关才能办理，根本不知道通过刑事自诉的形式追加致害人的责任。案件发生后，当事人大多仅向公安机关控告，而公安机关对此类案件的处理要么按治安案件处罚或作调解处理，要么作为公诉案件移交检察机关，或者不予追究被告人的责任，一旦公安机关不予处理，当事人只有不了了之，自认倒霉。根本不知道还可以到法院提起自诉。

要迈出这一步，对法律知识相对匮乏的当事人来说，实为难事。取证难。刑事自诉案件因案件发生的背景比较复杂，加之取证手段受限，使当事人很难按照当事人举证原则提供充分的证据。有的案件是公安机关在立案侦查后又让被害人到法院进行自诉的，证据都留在公安机关，而公安机关是不会将查证的材料交给被害人的，加之《刑事诉讼法》又将自诉案件的举证责任进一步明确为完全由自诉人承担，使当事人在提起自诉时顾虑重重，只能望而却步，寻求其他解决方式。(某编者按：有些本来可以提起刑事诉讼的，却作为民商案件诉讼，法院内部设卡变梗。)

(二)审判人员面临三难：

一是管辖难。

刑诉法规定自诉案件由人民法院直接受理。最高法院关于执行《中华人民共和国刑事诉讼法》若干问题的解释第一条规定，被害人就几类自诉案件直接向人民法院起诉的，人民法院应当依法受理。对于其中证据不足的，可由公安机关受理，或者认为对被告人可能判处三年以上有期徒刑的，应当移送公安机关立案侦查。这一规定极易引起公安和法院两家推诿扯皮。

1、当事人受公安机关一统天下传统观念的影响，使得那些犯罪情节轻微、有明确的被告人、具体的诉讼请求，并提供相关证据的应当由法院直接受理的案件一开始就进入侦查环节，公安机关也不告知当事人应当提起刑事自诉，甚至和法院争管辖权。使得由法院直接受理的自诉案件，直接升级，按公诉案件处理，人为裁减了自诉案件。2、关于自诉案件起诉与受理方面的法律法规相对匮乏。虽然刑诉法对自诉案件的范围作了扩大规定，但由于宣传力度不到位，广大群众对自诉案件的范围及如何提起自诉知之甚少，不能充分地行使自诉权。使得一些本应由人民法院管辖的自诉案件，要么是不了了之，要么仅被相关行政机关作行政处罚了事。

二是认证难。

由于自诉案件是当事人自己举证，受理时被告人未被羁押，当事人之间对立情绪大，意见悬殊，加之案件发生时背景比较特殊和复杂，目击者由于种种原因不愿作证或不能如实作证，矛盾发生后又没有通过基层组织予以解决，直接证据和间接证据的缺失，增大了法院调查核实证据的难度。加之强调当事人举证，当事人双方无限制、无期限地举证，使得开庭审理时双方所举证据内容截然不同，真伪难辩，增大了认证工作的难度。

三是处理难。

刑事自诉案件的审理由于其特殊性使得一些审判人员瞻前顾后，放不开手脚。如在审理阶段，对被告人采取强制措施时顾虑重重，认为刑事自诉案件情节轻微、危害不大，又多发生在邻里之间，有的案件当事人双方提交证据后，即使事实已基本清楚，证据也基本充分，也不敢对被告人采取强制措施，担心被告人被羁押后不能判决结案或是怕引起国家赔偿，该决定逮捕的不能当机立断，一些被告人趁此逃逸他乡，使得案件不能及时审结。又如，是否准予撤诉的问题。

最高法院关于执行《中华人民共和国刑事诉讼法》若干问题的解释第一百九十七条规定，人民法院对于告诉才处理和被害人有证据证明的轻微刑事案件，可以在查明事实、分清是非的基础上进行调解。自诉人在宣告判决前可以同被告人自行和解或者撤回起诉。第一百九十八条又规定，对于自诉人要求撤诉的，经人民法院审查认为确属自愿，应当准许。问题是，对于一些新类型的自诉案件，诸如一些侵犯财产的犯罪和生产销售伪劣商品的犯罪，人民法院在判决前，自诉人同被告人自行和解或撤回起诉的，而被告人又是应该受到刑罚处罚的，人民法院是否准予撤诉，法律没有明确规定，如果对这部分案件允许自诉人撤诉，既有失法律的严肃性，又放纵犯罪的可能。如果不允许其撤诉，当事人双方又确实是自愿调解撤诉的，从而使人民法院处于两难的境地。再如，关于是否能适用缺席判决的问题。自诉案件中经常会发生被告人下落不明的情况。最高法院司法解释的规定应裁定中止审理，这样法院长期难以结案，使被告人难以受到应有的惩处，自诉人的合法权益得不到及时有效的保护。一些重婚案件，男方遗弃女方及子女而另觅新欢，女方又掌握了切实可靠的证据，但男方长期下落不明，女方在家拖儿带女艰难度日，无奈之下提起刑事自诉，起诉其重婚，法院受理后又不能及时结案，无疑会使女方陷入绝境，有悖法律保护弱者的初衷。