一、公司设立严重违法情形

一方面公司登记机关通过监督检查发现公司设立违法的，可以主动对公司设立的有效性直接予以确认。公司登记机关的上级登记机关，认为公司设立违法的，也可以责令原公司登记机关予以确认，或者依法直接予以确认。另一方面，与公司有利害关系的第三人认为该公司存在设立无效的违法行为，且侵犯了自己的合法权益，可以申请公司登记机关确认其有效性。公司登记机关通过调查核实，认为股东和公司在公司设立中存在重大违法行为且情节严重的，应撤销公司登记，宣告公司设立无效，同时收缴营业执照，取消其法人资格和经营资格。公司登记机关在撤销公司登记的同时，可以并处罚款，对构成犯罪的应移交司法机关追究刑事责任。

二、公司设立一般瑕疵的情形

对公司设立存在一般瑕疵的问题，应由公司登记机关或其上级机关责令公司改正，限期达到要求。对其中具备公司条件且补齐了登记所必须的有关文件、证件的，重新登记注册，其法人资格仍然有效。对其中不具备公司条件的，应依法撤销公司登记，取消其法人资格和经营资格。在提起确认公司设立无效或者行政管理机关决定撤消公司之前都由公司内部进行一些准备，如果仍然希望继续开办的则完善公司出资、章程、发起人法定人数等一系列要素使其符合相关规定；如果不希望开办就做出退股、破产准备等行为。

例如，在德国，原告只能首先要求公司清除章程中的缺陷，而公司在3个月内未能满足此要求时才能提起诉讼。在法国，受理无效之诉的商事法庭可以依职权确定一个期限对无效的原因进行纠正，并且不得在诉状送达之日起2个月内宣布公司设立无效。在日本，法律对设立无效之诉的情形未严加限制，故救济条款比较宽容：公司设立无效的原因对于某一股东存在时，可依股东会的一致决定继续该公司。在此场合，作为无效原因的股东视为退股。

三、公司设立无效之诉的提起理由基于何种理由才能提起公司设立无效之诉呢？

（1）第三人请求公司登记机关依法确认公司设立的有效性，公司登记机关拒绝确认、不予答复或者对公司登记机关的确认不服的，可由第三人以公司登记机关为被告提起行政诉讼。该诉讼可以在法定期限内，经行政复议后提起，也可以依法直接向人民法院提起。对这种情况，可由人民法院经审理后裁定，责令公司登记机关依法出确认决定，或者对公司登记机关的确认决定依法作出维持、撤销、重新作出确认决定的裁决。

（2）第三人认为公司违法设立是因登记机关自身的违法行政行为造成的，第三人可以依法直接以公司登记机关为被告，向人民法院提起行政诉讼。人民法院经审理，认为公司设立在条件或程序方面存在违法行为，且导致公司设立无效的，可依法撤销公司登记机关的公司设立登记行为。同时责令公司登记机关限期撤销公司登记，宣告公司设立无效，收缴营业执照，该公司法人资格和经营资格自公司登记机关撤销公司登记之日起无效。对公司设立登记存在一般瑕疵的，由人民法院责令公司登记机关弥补登记缺陷，重新审核登记，公司法人资格继续有效。

（3）受到非法侵害的第三人，认为公司存在着足以导致公司设立无效的违法行为的，可以该公司为被告，依法向人民法院提起民事诉讼，请示人民法院直接裁定该公司设立无效。人民法院经审理认为，因股东、公司的原因，公司设立在条件或程序方面存在实质性缺陷的，可以裁定该公司设立无效，并提请公司登记机关作出撤销公司设立登记的决定。