需要根据实际情况采用不同的处理方式，合同无效后一方当事人请求对方赔偿损失的，应当就对方过错、损失大小、过错与损失之间的因果关系承担举证责任。人民法院可以结合双方过错程度、过错与损失之间的因果关系等因素作出裁判。

1、建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收合格的，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。

承包人非法转包、违法分包建设工程或者没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义与他人签订建设工程施工合同的行为无效。施工单位超越本单位资质等级承揽工程的，责令停止违法行为，对施工单位处工程合同价款百分之二以上百分之四以下的罚款，可以责令停业整顿，降低资质等级，情节严重的，吊销资质证书，有违法所得的，予以没收。

2、建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持。

3、修复后的建筑工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。

一、施工合同的付款方式有几种

施工合同的资金付款方式有2种，可以分期付款，按工程进度分期付款，即完成一定工作任务支付一定比例的工程款。可以按预付款，即签订工程承包合同时预付一部分款项，待工程完工验收后一次性支付全部工程款。现实中根据实际情况可以灵活应用，还可以用实物、劳务代替折价工程款。

根据付款方式建设工程合同可以分为固定价格合同、可调价格合同、成本加酬金合同，

1、固定价格合同：双方在专用条款内约定合同价款包含的风险范围和风险费用的计算方法，在约定的风险范围内合同价款不再调整。风险范围以外的合同价款调整方法，应当在专用条款内约定。这类合同适用于工程量不太大且能精确计算、工期短、技术不太复杂、风险不大的项目。

2、可调价格合同：合同价款可根据双方的约定而调整，双方在专用条款内约定合同价款调整方法。

3、成本加酬金合同：合同价款包括成本和酬金两部分，双方在专用条款内约定成本构成和酬金的计算方法。