第一，营业税方面，企业按照税务机关的要求履行扣缴税款义务，实际上是代理行为，只不过是法定代理，该项代理收入应作为其他业务收入缴纳营业税。国家税务总局《关于印发〈营业税税目注释(试行稿)〉的通知》(国税发[1993]149号)规定，代理业，是指代委托人办理受托事项的业务，包括代购代销货物、代办进出口、介绍服务、其他代理服务。显然，企业代扣代缴税款属于其中的其他代理服务，是指受托办理上列事项以外的其他事项的业务。在现行税法没有明确规定减免税的情况下，必须按照规定缴纳营业税、城市维护建设税及教育费附加。

第二，企业所得税方面，既然此项收入是企业的一项业务收入，同样，在税法没有规定将其纳入免税收入和不征税收入的情况下，企业应将该收入纳入收入总额计算缴纳企业所得税。《企业所得税法》第七条规定，收入总额中的下列收入为不征税收入：财政拨款，依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费、政府性基金，国务院规定的其他不征税收入。第二十六条规定，企业的下列收入为免税收入：国债利息收入，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益，符合条件的非营利组织的收入。对于不征税收入中的财政拨款，《企业所得税法实施条例》规定必须是各级人民政府对纳入预算管理的事业单位、社会团体等组织拨付的财政资金。

虽然扣缴税款手续费收入需要缴纳营业税和企业所得税，但对于发放给个人的部分，可以不缴纳个人所得税。财政部、国家税务总局《关于个人所得税若干政策问题的通知》(财税字〔1994〕20号)第二条第五款规定，下列所得，个人办理代扣代缴税款手续，按规定取得的扣缴手续费，暂免征收个人所得税。

关于上述手续费收入税收处理的理解，还可以与税法对金融机构代扣代缴税款取得收入的税收处理规定进行比照。国家税务总局《关于代扣代缴储蓄存款利息所得个人所得税手续费收入征免税问题的通知》(国税发〔2001〕31号)规定，根据《国务院对储蓄存款利息所得征收个人所得税的实施办法》的规定，储蓄机构代扣代缴利息税，可按所扣税款的2%取得手续费。对储蓄机构取得的手续费收入，应分别按照《营业税暂行条例》和《企业所得税暂行条例》的有关规定征收营业税和企业所得税。储蓄机构内从事代扣代缴工作的办税人员取得的扣缴利息税手续费所得免征个人所得税。