建设工程合同纠纷应当按照不动产纠纷确定管辖部门，即由工程所在地的人民法院进行管辖。工程合同纠纷属于合同纠纷，一并可由被告住所地或者合同履行地人民法院进行管辖。

建设工程合同纠纷的处理方式有：

1、和解。当事人因合同发生纠纷时可以再行协商，在尊重双方利益的基础上，就争议的事项达成一致，从而解决纠纷的方式；

2、调解。在第三人的主持下，通过运用说服教育等方法来解决当事人之间的合同纠纷；

3、仲裁。发生合同争议的双方当事人，根据争议发生前或发生后达成的仲裁协议，将纠纷提交仲裁机关进行裁决并解决纠纷的方式；

4、诉讼。合同纠纷发生后，当事人如果没有仲裁协议，任何一方均可以向人民法院提起民事诉讼，请求人民法院对合同纠纷依法予以处理。

建设工程合同纠纷是专属管辖吗

一、建设工程合同纠纷是专属管辖吗

1、建设工程合同纠纷是专属管辖。建设工程合同纠纷适用专属管辖，农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。

2、法律依据：《中华人民共和国民法典》第七百九十条

建设工程的招标投标活动，应当依照有关法律的规定公开、公平、公正进行。

第七百九十一条

发包人可以与总承包人订立建设工程合同，也可以分别与勘察人、设计人、施工人订立勘察、设计、施工承包合同。发包人不得将应当由一个承包人完成的建设工程支解成若干部分发包给数个承包人。

总承包人或者勘察、设计、施工承包人经发包人同意，可以将自己承包的部分工作交由第三人完成。第三人就其完成的工作成果与总承包人或者勘察、设计、施工承包人向发包人承担连带责任。承包人不得将其承包的全部建设工程转包给第三人或者将其承包的全部建设工程支解以后以分包的名义分别转包给第三人。

禁止承包人将工程分包给不具备相应资质条件的单位。禁止分包单位将其承包的工程再分包。建设工程主体结构的施工必须由承包人自行完成。

二、建设工程纠纷的主要种类有哪些

1、发包方拖欠工程款违约纠纷；

2、关于违法分包问题引起的工程款纠纷；

3、竣工结算报告争议引发的拖欠工程款纠纷；

4、建筑材料品质之争引起的拖欠工程款纠纷；

5、拖欠质保金纠纷；

6、合同无效引发的拖欠工程款纠纷；

7、因延误工期发生的工程款拖欠纠纷；

8、因建筑工程质量不合格发生的建筑工程施工合同纠纷。

《中华人民共和国民事诉讼法》第二十四条因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。

《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖：

（一）因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖；

（二）因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖；

（三）因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。