1、未发生增值税、营业税应税行为情况下的合同违约金可扣除《增值税暂行条例》规定，在中华人民共和国境内销售货物或提供加工、修理修配劳务及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税人，应依照条例规定缴纳增值税。《营业税暂行条例》规定，只有在中华人民共和国境内提供本条例规定的劳务、转让无形资产或者销售不动产的单位和个人，为营业税的纳税人，应依照条例的规定缴纳营业税。营改增相关法规规定，在中华人民共和国境内（以下称境内）提供交通运输业、邮政业和部分现代服务业服务（以下称应税服务）的单位和个人，为增值税纳税人，纳税人提供应税服务，应当按照本办法缴纳增值税，不再缴纳营业税。判断合同违约金是否属于流转税的应税行为，主要看违约金是否依附着应税行为而附加收取，对于纳税人在未销售货物或提供加工、修理修配劳务和营改增应税服务的情况下收取的违约金，不属增值税征税范围，不征收增值税；对于纳税人在未提供营业税应税劳务的情况下收取的违约金，不属营业税征税范围。即因预期违约和根本违约，无论是合同哪一方收取的违约金，均不属于增值税和营业税的应税行为，不征收增值税和营业税。

2、已发生增值税、营业税应税行为情况下的合同违约金可扣除对于增值税、营业税应税行为已经发生，只是合同缔约方未能完全履行合同条款而产生的违约金，应当视一下情况进行涉税处理。由于购货方或者购买服务方（以下简称“付款方”）未能完全履行合同，供货方或服务提供商（以下简称“收款方”）向付款方收取违约金，应当作为价外费用缴纳增值税或者营业税，依据如下：《增值税暂行条例实施细则》第十二条规定：条例第六条第一款所称价外费用，包括价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费。《营业税暂行条例实施细则》第十三条规定：条例第五条所称价外费用，包括收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、罚息及其他各种性质的价外收费。营改增试点管理办法也做出了相同的规定：销售额，是指纳税人提供应税服务取得的全部价款和价外费用。价外费用，是指价外收取的各种性质的价外收费。由于收款方未能完全履行合同，付款方向收款方收取的违约金，无论是增值税、营业税、营改增相关规定，均只规定了收款方向付款方收取的违约金应当作为价外费用，计算缴纳增值税，反过来付款方向收款方收取违约金的情况，不属于价外费用，不需要缴纳增值税或营业税。这里需要注意的是，应产品（服务）质量等问题的折扣折让，应当由收款方开具红字发票给付款方，这种情形一般不作为违约论，在此不作详述。