日本《国家赔偿法》在施行过程中形成了一些基本理论和适用原则，这些理论和原则至今还在一定范围内有效，唯一的变化是出现了一些开始施行阶段并未出现的诉政府案。公民原先不愿诉政府的心态基本消失，动辄对政府提起赔偿诉讼却成为一个现实的问题。所有这些促使《国家赔偿法》到了90年代初期，在三个方面发生了重大变化：

（1）不当的范围扩大；

（2）扩大公共设施的观念，包括诸如河流这样的自然现象；

（3）发展了一种作为义务的理论。

在公害立法和环境权诉讼方面，日本是进行得较早的国家，其公害健康受害补偿制度和公害行政诉讼制度在世界各国中是比较先进的。重要的公害立法有：《公害对策基本法》、《公害纷争处理法》、《水质污染防止法》、《自然环境保全法》、《公害健康被害补偿法》等。除了中央公害立法之外，地方也相应地制定公害防治的地方性法规，有的地方法规比中央立法还要先进。东京都制定了《东京都公害防治条例》，规定保障都民的环境权，都民享有健康、安全和舒适生活的权利，此项权利不得遭受公害侵犯。

日本公害健康受害补偿制度主要保障受害人的损害赔偿请求权，行政机关的违法环境措施对公民造成损害的，被害者可针对国家或公共团体提起国家赔偿请求诉讼，并要求追究行政机关公害措施的违法性。在日本，虽然公害诉讼案很多，但在司法判决中把环境权作为一项具体权利的事例极少。这就是说，法院没有普遍确认环境权为一项法律权利。法院关于公害事件的判决基本上是依据人格权或健康权的观念或有关法律作出的。在司法审判中普及使用环境权，仍然是当前和今后日本法学界的取向。环境权虽然在学术界已普遍得到认可，若要为司法界接受，将是一个较长的过程。

由于日本是一个自然灾害比较严重的国家，因此，人们并不担心诸如地震法这样的法律会过分干预私人生活和经济活动，相反，人们普遍担心政府不能作为，不能通过健康、环境和灾害法律采取必要的措施。这样，日本的国民心态是想通过法律武器强迫政府有所作为。由于日本的法律采取严格的三权分立理论，使法院不能直接要求行政官采取自由裁量权范围内的行动，但是，受害人提出的与政府未能依法作为有关的赔偿诉讼却获得了成功。这些诉讼请求并不是针对政府官员的作为，而是针对政府官员有作为的法律义务而未能作为。

在根据《国家赔偿法》追究政府的不作为赔偿责任的过程中，日本的基层法院实际上改造了《国家赔偿法》和其他许多法律中所规定的政府义务观念。首先，不当的含义从其最初的物质上的不当发展到包括职能不当在内。其次，公共设施的范围扩大到包括纯粹的自然现象。

日本《国家赔偿法》第2条所确立的国家赔偿责任只有在公共设施造成损害的情况下发生，在其他情况下，必须根据第1条制定国家承担赔偿责任。为了扩大国家赔偿责任的范围，日本的法院绕过了原先确立的基本理论，创造了一种可以增加案件数量的作为义务理论。如果有作为义务，而政府机关未能作为，且没有合理的理由，受害人可以根据第1条起诉，法院可以判定存在过失。

法律如果对国家机关的作为义务有明确的规定，法院的判定比较简单。如果法律没有规定国家机关的义务，日本的法院主要采取两项原则来判定是否存在作为义务。最初，法院采用了一种限制自由裁量权的范围的原则。后来法院开始探寻独立的作为义务，不依赖于法律规定的任何特定的自由裁量权。日本学者认为，在法律规定的自由裁量权以外探寻独立的作为义务，是《国家赔偿法》和国家赔偿制度各种新原则中最具革命性的变革。

目前，日本的法院正面临着如何适用新的原则的挑战。国家赔偿制度虽然发生了巨大的变化，但仍处于一种不稳定的状态，很难预测这些原则的最后命运如何。这有两个原因：第一，新原则是由下级法院发展和适用的。目前日本的趋势是基层法院发展新的创造性的法律原则，解决迫切的问题，当这些原则到达高等法院或最高法院以后，常常是新原则遭到反对。这种被反对的新原则基本上就永远被废弃了。第二，低级法院发展的新原则是为了解决具体案件中的特定问题，并在此过程中扩大《国家赔偿法》的覆盖范围，由于这些解决办法是为了应付特定的问题，它们如何与《国家赔偿法》的其他原则衔接经常很难确定，这样，虽然在几个领域内发展了新的法律原则，但不知道怎样将它们嵌入一以贯之的国家赔偿责任理论之中。