电算化账务系统中除了象手工账务一样要使用会计科目外，还要为每一个会计科目加入一个编码。会计科目编码通常用阿拉伯数字编制，采用群码的编码方式即分段组合编码，从左到右分成数段，每一段设有固定的位数表示不同层次的会计科目。如第一段表示总账科目，第二段表示二级明细科目，第三段表示三级明细科目。

在设定科目编码时需要重点注意以下问题：

(一)系统性

财政部已制定的各行业会计制度中都系统地给出了总账科目及少量二级科目的名称和科目编码。在设定总账科目编码时必须符合财政部门制定的会计制度中的有关规定，设立明细科目编码除会计制度有规定的以外，可按上级主管部门和本单位的管理要求设定，以保证科目代码的系统性和统一性。

(二)一义性

要保证每一个代码对应于一个会计科目，既不允许出现重复的科目编码又不允许出现同名的会计科目，但如果同名的明细科目分属不同的上级科目，则可以被系统接受而不认为是同名的会计科目。

(三)简洁性

在满足管理要求和适合计算机处理的的前提下，力求代码简单明了、位数越短越好，既便于记忆又能提高输入凭证的速度。

(四)可扩展性

会计科目体系一经设定，其代码结构就无法改变。修改结构只能通过重新建账实现，而重新建账将丢失已输入的所有初始化数据和已输入的凭证资料。因此在设计代码时一定要充分考虑各方面的要求。总账科目编码长度由所选会计制度来决定通常为3～4位，而确定某一级明细科目的代码长度通常是以上级科目中所含明细科目最大可能达到的个数来确定的，以二级明细科目为例，总账科目为其上级科目，银行存款、应收账款、销售收入、管理费用等总账科目都有二级明细科目，银行存款通常以开户银行及账号为明细科目，少则二三个，多则二三十个，销售收入、管理费用等科目下设的二级明细科目一般都不会超过九十九个，两位长的代码应能满足以后添加同级科目的需求，而应收账款等往来科目通常以客户或单位为来设置明细科目，明细科目的数量不同单位差异很大，少则几十个，多则成百上千，两位码长难以满足要求，要增至三位甚至更长，由于同级科目必须使用等长的科目编码，其他总账科目下的二级科目也要使用三位或更长的科目编码。如果设定的分段代码位数较长而绝大多数上级科目所包含的明细科目个数不多时，其他科目的凭证输入速度势必会受到影响，与简洁性相矛盾。为了解决这一矛盾，可将明细科目先分类，按分类设置二级科目，然后再设置下级明细科目，如应收账款总账科目下先按客户所属地区分类，设置二级明细科目，然后再按客户名设置三级明细科目。更理想的解决方案是应用往来客户辅助核算，目前的商品化会计软件通常都提供了这一功能。因辅助核算中的项目代码与会计科目的代码完全独立，自成体系，项目代码只与其关联会计科目如前述应收账款等往来科目相关，不影响其他科目的代码设定，与科目代码的位数无关，非常便于扩充。如选用了辅助核算功能，在科目代码设置之后，还要设置辅助项目代码及名称。如果单位的会计业务，特别是货币资金涉及外币，在建立科目体系时还要将外币考虑进去。会计软件中提供了复币核算的功能，在系统初始化时必须将外币资料输入系统，这些资料包括：外币代码、外币名称、与本位币的汇率等。