股东出资部分增加注册资本是合法的，《公司法》关于增资的规定

第四十四条股东会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。

第一百七十八条公司需要减少注册资本时，必须编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出减少注册资本决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，有权要求公司清偿债务或者提供相应的担保。公司减资后的注册资本不得低于法定的最低限额。

第一百七十九条有限责任公司增加注册资本时，股东认缴新增资本的出资，依照本法设立有限责任公司缴纳出资的有关规定执行。股份有限公司为增加注册资本发行新股时，股东认购新股，依照本法设立股份有限公司缴纳股款的有关规定执行。

第一百八十条公司合并或者分立，登记事项发生变更的，应当依法向公司登记机关办理变更登记；公司解散的，应当依法办理公司注销登记；设立新公司的，应当依法办理公司设立登记。公司增加或者减少注册资本，应当依法向公司登记机关办理变更登记。

一、《公司法》关于瑕疵决议的无效和撤销规定

第二十二条公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规的无效。股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。股东依照前款规定提起诉讼的，人民法院可以应公司的请求，要求股东提供相应担保。公司根据股东会或者股东大会、董事会决议已办理变更登记的，人民法院宣告该决议无效或者撤销该决议后，公司应当向公司登记机关申请撤销变更登记。

《山东省高院公司诉讼案件处理意见》的相关规定

侵害公司及股东权益纠纷的处理(一)股东会、股东大会、董事会决议无效或撤销纠纷。股东、董事、监事申请确认股东会、股东大会、董事会决议无效，或者股东申请撤销股东会、股东大会、董事会决议的，应以公司为被告。公司法定代表人对公司股东会、股东大会或董事会决议申请确认无效或撤销的，由公司推荐认可上述决议效力的其他股东、董事或者监事代表公司参加诉讼。股东超过《公司法》第二十二条第二款规定期限申请人民法院撤销股东会、股东大会、董事会决议的，人民法院不予受理。当事人对股东会、股东大会、董事会决议申请确认无效或撤销，人民法院驳回其诉讼请求的，他人以相同的事实和理由再次起诉的，人民法院不予受理。股东丧失股东资格后对股东会、股东大会、董事会决议申请撤销的，人民法院不予受理。但剥夺其股东资格的决议除外。公司召集股东会或股东大会，未按照《公司法》第四十二条、第一百零三条之规定履行通知义务，但未被通知的股东已经实际参加会议并表决的，其以未被通知为由申请撤销决议的，人民法院不予支持。公司拒不按照股东会、股东大会或董事会决议办理工商登记变更手续的，股东、董事、监事等利害关系人有权提起诉讼，要求公司办理工商登记变更手续。