提存机关是国家设立的接受提存物而进行保管，并应债权人请求将提存物发还债权人的机关。提存机关是提存的主体或中介。确定提存机关，是建立提存制度必须解决的问题。在国外，提存机关的确定一般采取由法律直接规定或由法院在法定范围内指定的方式。据此，提存机关一般为法院，法院设有专门的提存所，另外，法院指定的银行、信托商行、仓库营业人也可以办理提存业务。前苏联和东欧一些国家的提存机关为公证机关。中国也有人提出，在中国没有必要设立专门的提存所，可以由公证机关来处理此类事务。这是因为，中国的公证机关在初创时期曾办理过提存业务，目前一些地方的公证机关已在办理这项业务，并积累了一定的经验，同时，提存是一项非诉讼事务，公证机关是专门办理非诉讼事务的机关，由公证机关办理提存业务，与其职能相符合，也便于国家对非诉讼事务的统一管理。司法部的《提存公证规则》第4条规定，提存由债务履行地的公证机关管辖。而《民法典》对提存机关未作明确规定，这必然会影响提存制度的实施。

在我国，公证机关是有权办理提存的机关，但不能因此认为公证机关是办理提存的唯一机关，人民法院也应作为提存机关，这是因为尽管提存未必与诉讼必然关联，但提存是一项法律专业性很强的工作，人民法院一直处理大量的债权债务纠纷，更有能力胜任该工作，且提存在许多情况下是由于债权人的拒绝履行而发生的，债权人出于种种原因会对提存提出异议，债权人也拥有程序法上的诉权，可以向法院提起诉讼，这样，涉及提存的债的关系引起诉讼也就在所难免。另外，在双务合同中，由于双方互为对待给付，在一方债务人由于对方的原因而难以履行义务时，进行提存可以使其债务归于消灭，但实施提存的债务人在要求对方履行相应给付义务时，若遭对方拒绝，也必须通过诉讼程序解决。如果提存和双方的争讼均由人民法院进行处理，就便于查明事实，节约时间、精力和费用，有利于纠纷的妥善解决。从司法实践的情况看，有的人民法院已开始办理提存事务，并取得了良好的效果。