按加值额课税的营业人，每月的销项税额减进项税额，余额为正数时，即为应纳税额;余额为负数时，即为溢付税额。当期发生溢付税额，采用退税和留抵两种方法处理。凡是适用零税率，购买固定资产，因合并、转让、解散或废止所发生的溢付税额，均以退税方式处理。其余溢付税额，均采用留抵次期应纳税额，如仍有余额，可在以后各期继续留抵。累积留抵的溢付税额过大，情形特殊者，也可申请核准先予退税。按营业总额课税的营业人，以其每月的销售额乘以规定的征收率，即为应纳税额。小规模营业人，由稽征机关按规定方法查定销售额，再以规定征收率计算应纳o额。为鼓励小规模营业人进货取得统一发票，税法特别规定，可就其取得的发票上的进项税额的10%，扣减所查定的应纳税额，超过查定税额的，次期可继续扣减。配合营业税的实施，台湾实行统一发票制度。

一般税额计算营业人使用的统一发票有4种。三联式统一发票，专供营业人向其他营业人销售货物或劳务时使用，第一联为存根联，由开立人保存;第二联为扣抵联，交付买受人作为申报扣抵或扣减税额之用;第三联为收执联，交付买受人作为记账凭证。二联式统一发票，专供营业人向非营业人销售货物或劳务时使用，第一联为存根联，由开立人保存;第二联为收执联，交付买受人收执。收银机统一发票，专供营业人销售货物或劳务并以收银机开立统一发票时使用。电子计算机统一发票，专供使用电子计算机开立发票的营业人销售货物或劳务时使用，也分为存根联、扣低联和收执联。

特种税额计算营业人使用的统一发票有2种，即特种统一发票和电子计算机统一发票，都分为由开立人保存的存根联和交付买受人收执的收执联。营业税报缴期限为2个月报缴一次。营业人每逢单月的15日前报缴其上两个月的销售额与应纳或溢付税额。营业人销售货物或劳务适用零税率的，可向稽征机关申请以每月为一期，于次月15日前申报其上月销售额及应纳或溢付税额。每期申报销售额时，应填报统一发票明细表。有应纳税额者，应先填写缴款书限期向公库缴纳，并将收据、申报书与有关证明文件向稽征机关申报。无应纳税额者，只需填妥申报书检同有关证明文件向稽征机夫申报。外销适用零税率申请退税者，也只需填妥申报书、零税率销售额清单检同有关证明文件向稽征机关申报。申报时应检附进项凭证及有关文件，包括：统一发票扣抵联、收银机统一发票收执联影印件、其他收据凭证、销货退回及进货退出及折让证明单、零税率销售额清单及证明文件等。