l、从证据的“合法性”来审查，主要审查证据是如何形成的、是由谁提供或收集的，收集的方法是否正确，证据的形成与收集是否受到主客观因素的影响。具体地说就是要审查有关人员是否出于不良动机，提供虚假的证据；有关人员是否因生理上、心理上、认识上、表达上等原因，提供了不实的陈述；侦查人员收取证据的手段是否正确、合法，固定保管证据的方法是否科学等。

2、从证据的“客观性”来审查，就是要审查判断证据所反映的事实与待证的案件事实是否存在着客观的内在联系，有什么样的联系，能证明案件中的什么问题，内容本身是否合理，有无矛盾，即证据的内容是否客观真实。

3、从案件各种证据的“关联性”来审查：首先对同一的证据，要审查其所反映的内容前后是否一致，有无矛盾。如当事人就同一事实作过几次陈述、证人在几次询问中就相同的问题提供的证言，应当对他们前后所做的陈述、提供的证言联系起来进行分析研究，看其所反映的内容前后是否一致，有无矛盾，如有矛盾，就不能轻易采信，而应查明矛盾出现的原因。其次，对案件中不同类证据的审查，也要结合起来进行综合审查判断，审查各个证据所证明的事实是否一致、协调，它们之间是否存在矛盾。就具体案件来说，要注意分析同案犯口供之间、不同证人的证言之间、犯罪嫌疑人的供述与辩解和被害人的陈述之间有无矛盾。再次，对证据进行综合审查判断，还应当把案内所有的证据与案件事实联系起来。只有当证据审查到证据与证据之间，而且证据与案件事实之间都相互一致，才能就案件事实作出是否起诉、不起诉的结论性意见。最后还应注意，证据是否充分，是进行综合审查判断时必须予以解决的问题，特别是完全依靠间接证据定案的，必须要形成完整的证明体系。人民检察院如果是审查案件之后，发现案件事实不清，或者是证明犯罪嫌疑人的罪行的证据链不足的，都是可以退回公安机关，要求公安机关进行补充侦查的，但是需要注意的是，人民检察院退侦的案件是不能超过两次的，即同一案件最多只有两次补充侦查的机会。