房地产开发合同纠纷有很多，情况不同，纠纷处理也不尽相同，以本案为例。2003年9月18日，原告柳州**房地产开发有限公司（以下简称**公司）、被告南宁**房地产有限公司（以下简称**公司）与第三方柳州xx电器有限公司（以下简称xx公司）共同签署土地开发协议合同约定，XX公司将位于柳州市XX路的土地转让给被告在柳州设立的公司（XXX公司），土地转让价款为2860万元。同时，双方约定，由于原告在土地出让前期的投入和工作，被告公司将向原告支付赔偿金1640万元，赔偿金将在被告公司取得土地利用和开发指标批复并可实施后一年内支付房地产开发。之后，原告与被告XXX公司于2004年12月17日签订了《土地使用权出让合同》。双方于2005年2月25日通过柳州市土地交易储备中心同意转让。被告XXX公司于2007年1月10日取得（2007）第100757号《国有土地证》，并于2007年12月缴纳土地流转费，将土地转为建设开发用地，用于住房开发、房地产开发。至2011年2月，被告XXX公司在该土地上开发的“*Hi·long*”住宅区已全部开发完毕。但被告XXX公司仅向原告支付了150万元的赔偿金，其余款项延后数年。原告未督促协商，故起诉人民法院要求被告补交余款。

在庭审中，被告XXX公司辩称其不是土地开发合同的一方，也不是土地出让合同的付款义务人，对**公司没有付款义务。被告，*公司辩称：1。作为一个共同体，**公司和XX公司在土地开发合同中履行出让人的权利和义务，双方的权益是完全统一的。**公司与**公司之间不存在单独的债权债务关系。2所谓补偿实际上是XX公司指定支付给**公司的土地对价的一部分，而且**公司没有独立的债权。三。公司在4500万元土地对价内支付，余款在支付完合同约定的三笔付款后支付给XX公司和**公司。4据公司初步统计，已支付40802409元，余额待三方核对账目并扣除违约金后结清。

一审法院经审理认为，该土地开发合同是在三方自愿、协商一致的基础上签订的，不违反有关法律法规，经生效判决确认，三方应严格按照合同履行各自的义务。**根据土地开发合同，公司主张XXX公司和**公司支付剩余款项，符合法律和合同规定，应予支持。关于本案的支付责任主体，XXX公司虽不是土地开发合同的当事人，但系公司法定代表人在柳州设立的控股公司，并代表公司履行了上述支付行为。此外，本案涉及的土地也转移到其名下，即实际受益人。因此，XXX公司和本公司应承担对本公司的付款责任。***公司辩称，上述1640万元称为土地补偿，实际上是地价的一部分。认为XXX公司支付的总费用40802409元应从4500万元的合同总价中扣除，再共同支付给**公司和XX公司。事实上，XXX公司支付的上述40802409元中，支付给**公司的土地补偿款仅为2013418.5元，其他款项为土地出让过程中发生的土地出让金。这与XXX公司应向**公司支付的土地补偿不同，**公司和XX公司是两个独立的法人实体，因此**公司和XXX公司的抗辩不能成立。一审法院终审裁定，公司与XXX应向公司支付土地补偿金14386581.50元，并承担连带责任。

**公司和XXX公司不服一审判决提起上诉。二审法院经审理认为，一审判决事实清楚，理由充分，决定驳回上诉，维持原判。首先，合同是双方意志的表达。如果达成协议，合同将生效，对双方均有约束力。当事人应当按照约定履行合同义务。本案中，“土地开发合同”由三方自愿、协商一致签订，不违反相关法律规定，合法有效，三方应按照合同履行义务。《土地开发合同》第二条明确规定：1640万元是公司以“投入资金做一些前期工作”为由给予公司的补偿。本条与土地开发合同第一条另行约定，即土地出让金2860万元，显然不属于“土地出让金”的一部分。因此，被告人提出的“1640万元土地补偿款是2860万元土地出让金的一部分”的论点不能被法院采纳。第二，公司是法律创设的主体，以公司名义进行民事活动，独立承担民事责任。即使两家公司的股东重叠，也不意味着两家公司是同一主体。**本公司与XX公司为独立法人，具有独立人格。法律并不禁止同一股东和董事会成员同时设立多家公司。被告认为**公司的实际控制人与XX公司的实际控制人应视为同一主体，主张向XX公司付款等于向**公司付款。辩护意见没有法律和事实依据。