基层卫生院加班工资是应当根据不同的时间段加班来进行确定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

(一)安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；

(二)休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；

(三)法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

一、加班日工资基数的计算方法是什么？

月工资除以一个月计薪的天数，今年中国节假日调整后的月计薪天数为21.75天。

以一个约定月薪为1500元的职工为例，他的日加班基数就是1500元除以21.75天即69元；如果企业安排他在5月1日加班，则应支付其不低于69元的3倍即207元的加班工资。

5月2日加班，单位首先应安排补休，否则须支付两倍的日工资基数。

此外，对于经过劳动保障部门批准，可以在明确工作量的前提下自主安排工作、休息时间的“不定时工作制”岗位，用人单位可以不支付加班工资。

二、如何确定加班费的计算基数？

1、如果劳动合同有明确约定工资数额的，应当以劳动合同约定的工资作为加班费计算基准。应当注意的是，如果劳动合同的工资项目分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，应当以各项工资的总和作为基数计发加班费，不能以“基本工资”、“岗位工资”或“职务工资”单独一项作为计算基数。

2、如果劳动合同没有明确约定工资数额，或者合同约定不明确时，应当以实际工资作为计算基数。凡是用人单位直接支付给职工的工资、奖金、津贴、补贴等都属于实际工资，具体包括国家统计局《关于工资总额组成的规定若干具体范围的解释》中规定“工资总额”的几个组成部分。但是应当注意一点，在以实际工资都可作为加班费计算基数时，加班费、伙食补助和劳动保护补贴等应当扣除，不能列入计算范围。

3、在确定职工日平均工资和小时平均工资时，应当按照劳动和社会保障部《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》规定进行折算。

4、实行计件工资的，应当以法定时间内的计件单价为加班费的计算基数。

5、加班费的计算基数低于当地当年的最低工资标准的，应当以日、时最低工资标准为基数。