公司设立登记缺陷情形如下：

1、发起人或股东属于限制行为能力人；

2、意思不明确；

3、设立行为违反法定程序，但不影响登记效力；

4、没有登记文件，但可以补充。

《中华人民共和国公司法》规定，设立公司应当依法向公司登记机关申请设立登记。符合规定的设立条件的，公司登记机关应当分别登记为有限责任公司或者股份有限公司；不符合规定的设立条件的，不得登记为有限责任公司或者股份有限公司。法律、行政法规规定设立公司必须经批准的，应当在公司登记前依法办理批准手续。公众可以向公司登记机关申请查询公司登记事项，公司登记机关应当提供查询服务。

公司设立登记程序

公司设立人首先应当向其所在地工商行政管理机关提出申请。设立有限责任公司应由全体股东指定的代表或共同委托的代理人作为申请人；设立国有独资公司应由国家授权投资机构或国家授权的部门作为申请人；设立股份有限公司应由董事会作为申请人。

申请设立有限责任公司应向公司登记机关提交下列文件：

（1）公司法定代表人签署的设立登记申请书；

（2）全体股东指定代表或者共同委托代理人的证明；

（3）公司章程；

（4）依法设立的验资机构出具的验资证明，法律、行政法规另有规定的除外；

（5）股东首次出资是非货币财产的，应当在公司设立登记时提交已办理其财产权转移手续的证明文件及其相关非货币财产的资产评估报告；

（6）股东的主体资格证明或者自然人身份证明；

（7）载明公司董事、监事、经理的姓名、住所的文件以及有关委派、选举或者聘用的证明；

（8）公司法定代表人任职文件和身份证明；

（9）企业名称预先核准通知书；

（10）公司住所证明；

（11）国家工商行政管理总局规定要求提交的其他文件（《公司登记管理条例》第20条）。

申请设立股份有限公司，应当向公司登记机关提交下列文件：

（1）公司法定代表人签署的设立登记申请书；

（2）董事会指定代表或者共同委托代理人的证明；

（3）公司章程；

（4）依法设立的验资机构出具的验资证明；

（5）发起人首次出资是非货币财产的，应当在公司设立登记时提交已办理其财产权转移手续的证明文件；（6）发起人的主体资格证明或者自然人身份证明；

（7）载明公司董事、监事、经理姓名、住所的文件以及有关委派、选举或者聘用的证明。

（8）国家工商行政管理总局规定要求提交的其他文件。

其中，以募集方式设立股份有限公司的，还应当提交创立大会的会议记录；以募集方式设立股份有限公司公开发行股票的，还应当提交国务院证券监督管理机构的核准文件。法律、行政法规或者国务院决定规定设立股份有限公司必须报经批准的，还应当提交有关批准文件。对于公司申请登记的经营范围中属于法律、行政法规或者国务院决定规定在登记前须经批准的项目的，应当在申请登记前报经国家有关部门批准，并向公司登记机关提交有关批准文件（《公司登记管理条例》第21条、第22条）。

由此可见，设立有限责任公司与设立股份有限公司在设立申请文件－方面其实是一样的要求，只是相关法律文件的签署人的称谓不同而已：在前者称为股东，在后者则称为发起人。当然，以募集方式设立的股份有限公司在设立申请时需要提交的文件有所不同，主要是增加了创立大会的会议记录；其中以募集方式设立公开发行股票的，还需提交国务院证券监督管理机构的核准文件。

《中华人民共和国公司法》第六条设立公司，应当依法向公司登记机关申请设立登记。符合本法规定的设立条件的，由公司登记机关分别登记为有限责任公司或者股份有限公司；不符合本法规定的设立条件的，不得登记为有限责任公司或者股份有限公司。

法律、行政法规规定设立公司必须报经批准的，应当在公司登记前依法办理批准手续。

公众可以向公司登记机关申请查询公司登记事项，公司登记机关应当提供查询服务。