(一)刑罚执行权(行刑权)的统一问题

1997年我国在修改《刑诉法》后，将原赋予检察机关免予刑事处分的职能取消了，这一举措的实质是在维护法院审判权的统一性和完整性。在四位一体的刑罚体系中，制刑权、求刑权、科刑权在分工和设计上都是统一完整的，唯有刑罚执行权是个例外。目前实践中，拥有刑罚执行权的主体包括公安、监狱、法院三个机关。其中公安机关负责执行管制、拘役、单处剥夺政治权利、判决(裁定)生效时余刑不足一年的有期徒刑罪犯，或者主刑执行完毕后的剥夺政治权利以及将犯罪的外国人驱逐出境;监狱机关负责执行判决(裁定)生效时余刑在1年以上的有期徒刑罪犯，以及无期徒刑、死刑缓期两年执行的罪犯(包括这些罪犯中被判处剥夺政治权利刑罚的执行);法院负责执行死刑、罚金、没收财产。最初在刑罚体系职能的分配设计上，将刑罚执行权进行肢解或许有其历史原因和背景，但在当今形势下若非制衡协作上的必须，则对任何刑罚权的肢解就等于是从根本上削弱这项权力的功能。这种分散状态下的刑罚执行权，既难以统一执行尺度，人为造成双重或多重执行标准，又无法像其它刑罚权一样形成自身延续发展的体系建设，甚至还能否称各部门手中的这部分权力为严格意义上的刑罚执行权都需要存细推敲，同时也不可避免会影响到整个刑罚体系和功能的发挥。

(二)减刑权与假释权的归属问题

1、减刑权归入刑罚执行权较为准确适宜。减刑权应当归入审判权还是归入刑罚执行权(行刑权)的争论由来已久。站在有利于刑罚体系建设和总体功能发挥的角度，笔者认为将其归入刑罚执行权较为准确适宜。其理由为：根据《刑诉法》的有关规定，人民法院行使审判权的案件，分为由检察院出庭支持提起诉讼的公诉案件和三种特定情况的自诉案件。减刑案件没有检察院出庭支持提起诉讼，也不符合三种特定情况的自诉案件。因此，不应将其归入审判权的范畴。

2、减刑不涉及定性和量刑的问题。审判形成的判决或裁定中，定性和量刑是其不可或缺的两个部分。而减刑不涉及定性和量刑的问题，不是对已决犯的又一次审判。审判适用的对象是未决犯，其依据的是当庭被质证采信的证据，解决的是罪与非罪、罚与不罚的问题。而减刑适用的对象是已决犯，其依据的是监狱机关提供的材料，解决的是奖与不奖、奖多奖少的问题。

3、设立独立的刑罚执行主管机关。由报应刑向目的刑转变是当今刑罚的大趋势。报应刑主义认为，刑罚的目的就是对罪犯所犯罪行的相应惩罚。法院的判决(裁定)是不可更改的依据，这看似在维护审判权的完整性，实则是报应刑主义的另类表现形式。目的刑主义认为，刑罚的目的不是报应，而是在惩罚的同时，重点对罪犯进行矫正、教育，法院判决(裁定)的刑期，虽是实施惩罚的依据，但它是一种宣告刑，应当允许刑罚执行机关为全面实现刑罚目的，在法律规定范围内以奖励的方式缩短罪犯实际执行刑期的长度。笔者认为从确保刑罚执行功能的全面实现考虑，固然要提高刑罚执行机关的工作效率、执法能力及水平，但更重要的是应当在现有刑罚体系内提高刑罚执行的地位，尽快出台一部专门的刑罚执行方面的法律，设立独立的刑罚执行主管机关，赋予刑罚执行机关更大的权力，使其在教育改造罪犯的行刑事务上拥有决定权。这是我们解决刑罚体系失衡，提高教育改造质量，改变目前监狱如同一个“已决犯拘留所”尴尬境地的治本之策。

4、将假释归入刑罚执行权(行刑权)范畴更加准确适宜。假释又称“假出狱”。从普遍意义上讲，假释是指罪犯服刑期尚未届满，暂予释放，经过一段时期的考验，如无犯罪行为发生，即以执行完毕论的一种制度。由此可以看出，假释的实质是一种附条件的提前释放。罪犯虽然在客观上走出了监狱大墙，却依然是戴罪之身，法律意义上的刑罚执行并未中止，而是在继续执行之中，其由法院宣告的罪刑并未发生任何改变，所不同的是在法律规定条件下，其刑罚执行的方式、空间发生了变化，这与当前主张行刑社会化的大趋势是一致的。所以将假释归入刑罚执行权(行刑权)范畴更加准确适宜。此外，应根据形势的发展对假释的概念进行修正或重新定义，使假释不再是国家对于罪犯的恩典，而成为受刑人的权利;不再是对少数表现良好的罪犯予以提前释放的一种优待的例外制度，而成为刑罚执行的一部分，是监禁和释放的中间阶段;不再是与减刑在功能上重复雷同的奖励措施，而成为一种保护观察，使行刑不定期化的刑罚制度。