依据国家赔偿法的规定，行政赔偿的义务机关对行政赔偿有异议时，行政赔偿义务机关和申请人可以进行协商，协商不成的提起诉讼。

《中华人民共和国国家赔偿法》

第十三条赔偿义务机关应当自收到申请之日起两个月内，作出是否赔偿的决定。赔偿义务机关作出赔偿决定，应当充分听取赔偿请求人的意见，并可以与赔偿请求人就赔偿方式、赔偿项目和赔偿数额依照本法第四章的规定进行协商。

赔偿义务机关决定赔偿的，应当制作赔偿决定书，并自作出决定之日起十日内送达赔偿请求人。

赔偿义务机关决定不予赔偿的，应当自作出决定之日起十日内书面通知赔偿请求人，并说明不予赔偿的理由。

第十四条赔偿义务机关在规定期限内未作出是否赔偿的决定，赔偿请求人可以自期限届满之日起三个月内，向人民法院提起诉讼。

赔偿请求人对赔偿的方式、项目、数额有异议的，或者赔偿义务机关作出不予赔偿决定的，赔偿请求人可以自赔偿义务机关作出赔偿或者不予赔偿决定之日起三个月内，向人民法院提起诉讼。

一、专利复议请求人如何提出行政赔偿

复议申请人可以在提出复议申请时一并提出行政赔偿请求，法律事务处将依据国家赔偿法的规定对该赔偿请求进行审理，经规定的审批程序后，在复议决定中一并对赔偿请求作出决定。

当然，如果当事人没有在提出复议申请时一并提出行政赔偿请求，也并不丧失赔偿请求权;当事人可以根据国家赔偿法的规定，在复议决定确认具体行政行为违法后的二年内，向国家知识产权局提出行政赔偿请求;如果国家知识产权局决定不予赔偿或者对确定的赔偿数额有异议，当事人还可以向法院提起行政赔偿诉讼。

根据国家赔偿法的规定，如果当事人在复议程序中没有提出行政赔偿请求，在对复议决定不服向法院提起行政诉讼时，还可以在提起诉讼的同时或者提起诉讼后至法院一审庭审结束前提出行政赔偿请求。

由于复议程序属于选择程序，当事人也可以不经过复议程序而直接针对国家知识产权局作出的具体行政行为提起行政诉讼，并可以在提起诉讼的同时或者提起诉讼后至法院一审庭审结束前提出行政赔偿请求。

但是，如果当事人没有先行向国家知识产权局提出行政赔偿请求，也没有针对国家知识产权局作出的具体行政行为或者行政复议决定提起行政诉讼，而是直接向法院单独提起行政赔偿诉讼，根据国家赔偿法的规定，法院将不予受理。

二、行政侵权赔偿的特点

(一)行政侵权赔偿是由行政机关或者行政机关工作人员违法行使行政职权的行为引起的。

行政侵权赔偿产生的原因是行政机关或者行政机关工作人员违法行使行政职权的行为，这种违法行使行政职权的行为包括违法的具体行政行为和违法的事实行为，即只有违法的具体行政行为和违法的事实行为才能引起行政侵权赔偿，如果是合法的具体行政行为和事实行为给公民、法人或者其他组织的合法权益造成损害，则不会引起行政侵权赔偿，只能产生行政补偿的问题。如果不是在行政机关或者行政机关工作人员行使职权的过程中发生的侵权行为，例如民事侵权行为，也不会引起行政侵权赔偿。

(二)行政侵权赔偿的请求人是合法权益遭受行政侵权行为侵害的公民、法人或者其他组织。

行政侵权赔偿的请求人是合法权益遭受行政侵权行为损害的对象，即公民、法人或者其他组织无论是否属于行政相对人，只要其合法权益遭受行政侵权行为的侵害，就可以请求赔偿。当然遭受侵害的权益必须是法律承认的合法权益，违法权益即使遭受侵害，公民、法人或者其他组织也不能请求行政赔偿。应该注意的是公民、法人或者其他组织遭受的侵害必须是现实的、已经确定的，将来可能发生的损害不能引起行政侵权赔偿。