工程司法鉴定主要包括工程质量和工程造价司法鉴定，对于工程司法鉴定收费的标准，《司法鉴定收费管理办法》未作出规定，主要是省级价格主管部门会同同级司法行政部门，根据当地实际情况确定价格管理相关规定。

工程司法鉴定收费纠纷处理方式：

1、违反司法鉴定收费管理规定的，向司法鉴定机构的主管部门，省市级司法局进行投诉。

2、因司法鉴定收费发生争议的，司法鉴定机构应当与委托人协商解决。双方协商不成的，可以申请仲裁或者依法向人民法院提起诉讼。

工程审计收费标准

（一）只委托做初步设计或施工图设计时，按照行业划分设计工作量各占的比例并乘以1．1的系数计算收费。如果增加编制施工图预算，按工程设计收费标准乘以1．1系数计算收费。

（二）工程设计中采用标准设计（标准构配件图除外）、复用设计，按同类新设计项目的20％收费。

（三）进行工程技术咨询服务，参加规划调查、询价、报价、对外谈判等技术服务工作，以及没有制订具体收费标准的工作，可采用按直接生产人员工日计算收费的办法，收费标准为每工日85元。

（四）收费标准中考虑了各种影响设计工作量因素的调整系数，如果在同一项目中的两种以上因素同时存在，由该项目总的调整系数应为各单项调整系数小数点以后数字之和再加1，但总的调整系数最高值不得大于1．5．

（五）按实物或工日定额计取设计费的，凡投资在3亿元以上的项目，其费额最高不得大于概算比例的1．5％．

（六）有较好的经济效益，经设计审查确认，可由上级主管审查部门决定，适当增加设计费，一般控制在设计费的10％以内如果设计质量和技术水平达不到合同要求的，应按合同规定扣减设计费。

（七）设计费按设计进度分期拨付。设计合同生效后，委托方应向设计单位预付设计费的百分之二十。

《司法鉴定收费管理办法》第二十条

任何公民和组织发现司法鉴定机构有不执行政府指导价、政府定价或者其他价格违法行为的，可以向司法鉴定机构所在地价格主管部门、司法行政部门举报、投诉。

《司法鉴定收费管理办法》第二十一条

因司法鉴定收费发生争议的，司法鉴定机构应当与委托人协商解决。双方协商不成的，可以申请仲裁或者依法向人民法院提起诉讼。