自然人股东转让股权缴税的税费主要有以下几项：

1、营业税：国税总局明确个人股权转让不征收营业税；

2、印花税：按照股权转让价款金额的万分之五双边征收，如果合同中股权转让价款低于股权合理价值的，税务局可以对股权转让价款进行调整；

3、个人收入所得税：按照股权合理价值扣除取得股权的成本及税费后款项总额的20%缴纳。

符合下列情形之一的，自然人股东转让股权缴税可以不纳税或者以较低转让款金额计算税款：

(一)能出具有效文件，证明被投资企业因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权；

(二)继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人；

(三)相关法律、政府文件或企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让；

(四)股权转让双方能够提供有效证据证明其合理性的其他合理情形。

一、自然人股东股权转让相关手续办理

1、工商变更登记

(一)公司股东变更登记提交材料规范

(1)《公司登记(备案)申请书》。

(2)《指定代表或者共同委托代理人授权委托书》及指定代表或委托代理人的身份证件复印件。

(3)法律、行政法规和国务院决定规定公司变更事项必须报经批准的，提交有关的批准文件或者许可证件复印件。

(4)关于修改公司章程的决议、决定(变更登记事项涉及公司章程修改的，提交该文件；其

(5)修改后的公司章程或者公司章程修正案(公司法定代表人签署)。

(6)股东向其他股东转让全部股权的，提交股东双方签署的股权转让协议或者股权交割证明。

股东向股东以外的人转让股权的，提交其他股东过半数同意的文件；其他股东接到通知三十日未答复的，提交拟转让股东就转让事宜发给其他股东的书面通知；股东双方签署的股权转让协议或者股权交割证明；新股东的主体资格证明或自然人身份证件复印件。

公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。

(7)公司营业执照正、副本。

(二)公司法定代表人变更登记提交材料规范

(1)《公司登记(备案)申请书》。

(2)《指定代表或者共同委托代理人授权委托书》及指定代表或委托代理人的身份证件复印件。

(3)法律、行政法规和国务院决定规定公司变更事项必须报经批准的，提交有关的批准文件或者许可证件复印件。

(4)关于修改公司章程的决议、决定(变更登记事项涉及公司章程修改的，提交该文件；其中股东变更登记无须提交该文件，公司章程另有规定的，从其规定)。

(5)修改后的公司章程或者公司章程修正案(公司法定代表人签署)。

(6)根据公司章程的规定提交原任法定代表人的免职证明和新任法定代表人的任职证明及身份证件复印件；公司法定代表人更改姓名的，只需提交公安部门出具的证明。

(7)公司营业执照正、副本。

2、税务变更登记

(一)纳税人改变名称、法定代表人或者业主姓名、经济类型、经济性质、住所或者经营地点(指不涉及改变主管国家税务机关)、生产经营范围、经营方式、开户银行及帐号等内容的，纳税人应当自工商行政管理机关办理变更登记之日起三十日内，持下列有关证件向原主管国家税务机关提出变更登记书面申请报告。

(1)营业执照；

(2)变更登记的有关证明文件；

(3)国家税务机关发放的原税务登记证件(包括税务登记证及其副本、税务登记表等)；

(4)其他有关证件。纳税人按照规定不需要在工商行政管理机关办理注册登记的，应当自有关机关批准或者宣布变更之日起三十日内，持有关证件向原主管国家税务机关提出变更登记书面申请报告。

(二)纳税人办理变更登记时，应当向主管国家税务机关领取变更税务登记表，一式三份，按照表式内容逐项如实填写，加盖企业或业主印章后，于领取变更税务登记表之日起十日内报送主管国家税务机关，经主管国家税务机关核准后，报有权国家税务机关批准予以变更的，应当按照规定的期限到主管国家税务机关领取填发的税务登记证等有关证件，并按规定缴付工本管理费。

3、组织机构代码证变更

组织机构的名称、住所、法定代表人(负责人)等信息发生变更情形，应于变更之日起三十日内办理组织机构代码信息变更登记，并换发新证书。

(1)法人(负责人)身份证件原件及复印件

(2)经办人身份证件原件及复印件

(3)当年年检有效的营业执照(或登记证)原件及复印件

(4)信息有变更的，还需提交工商出具的变更通知书原件及复印件

(5)组织机构代码基本信息登记表，加盖行政公章

(6)组织机构代码证书(正、副本)和电子副本。