存疑不起诉后侦查机关需要继续侦查该案件，由于存疑的首要原因就是证据不足，导致检察院的职员在审查案件时发现了疑点。任何的刑事案件都必须要在掌握了充分的证据的前提之下才能审结案件的，故此对于存疑的情形一般不会起诉。存疑不起诉后侦查机关需要继续侦查该案件。检察机关行驶国家检察权的重要形式，具有相当的社会影响，为防止检察机关对此权利的滥用，必须对此进行监督。在刑事诉讼法律规范中对人民检察院的不起诉决定的监督方式主要有被害人和被不起诉人的监督、侦查机关的监督、上级检察机关监督、和本级检察机关自行监督。检察院对案件进行审查后，在证据不足的情况下作出不起诉决定的，依据具体的案件可以作出以下的处理：

1、如果是公安机关移送的案件，公安机关认为检察机关不起诉决定有错误的，是可以申请复议的，如果检察机关复议后仍然不起诉的，公安机关可以在收到复议决定书后，连同相关的材料向上级检察机关申请复核。

2、如果公安机关认同检察机关不起诉决定的，犯罪嫌疑人被公安机关采取强制措施的，公安机关应该立即解除刑事强制措施，释放在押的当事人。

3、公安机关收到不起诉决定后，公安机关认为要追究刑事责任的，是可以继续对案件进行侦查的，在收集到新证据的情况下，可以再将案件材料移送到检察机关，请求检察机关提起公诉。

一、存疑不起诉的条件是什么

(1)案件已经经过了补充侦查。这是对案件已经经过补充侦查，仍作不起诉决定的时机控制，也是作该决定的程序条件。一般而言，未进一步收集证据就认为不符合起诉条件。

(2)证据不足，不符合起诉条件的。这是指证据不足以充分证明犯罪嫌疑人的罪行，以至于即使提起公诉，法院经过开庭审理，也很可能会宣告被告人无罪。人民检察院对此种情形下的犯罪嫌疑人作出不起诉决定的，必须同时具备上述两个条件。具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件：

(1)据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的；

(2)犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的；

(3)据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的；

(4)根据证据得出的结论具有其他可能性的。人民检察院在审核相应的证据后，发现证据不足，可以退回侦查机关补充侦查，对于经过补充侦查的案件，检察机关仍然认为证据不足的，可以以案件存有疑点不予起诉。如果经过检察机关作出存疑不起诉的决定，被不起诉人已经获得国家赔偿的，但后来检察机关又发现新证据可以起诉，并且经法院认定为有罪，人民法院赔偿委员会应该撤销原决定，要求被不起诉人返还赔偿金。存疑不起诉的行为一般都会发生在检察院审查刑事案件的过程中，虽然对于那些来自于公安机关侦查过后的那件，都已经是掌握了一定的他人犯罪的证据的，但是这些证据却不能保证能量刑，故此就不得起诉，否则是很有可能导致错案的发生的。在我国的刑事案件的处理程序中，检察院作出的不起诉决定有三种，分别是相对不起诉，绝对不起诉和证据不足不起诉，如果发现证据不足，那就作出证据不足不起诉决定，不起诉就意味着是不对犯罪行为人追究刑事责任了，此时也是不需要处罚的。