不利的自然条件是指施工中遭遇到的实际自然条件比招标文件中所描述的更为困难和恶劣，是一个有经验的承包商无法预测的不利自然条件与人为障碍，导致了承包商必须花费更多的时间和费用，在这种情况下，承包商可以向业主提出索赔要求。

（1）地质条件变化引起的索赔。一般来说，在招标文件中规定，由业主提供有关该项工程的勘察所取得的水文及地表以下的资料。但在合同中往往写明“承包商在提交投标书之前，已对现场和周围环境及与之有关的可用资料进行了考察和检查，包括地表以下条件及水文和气候条件。承包商应对他自己对上述资料的解释负责”。针对此项条款，客观公正地说，是有损施工单位的合法权利的，因为在非设计、勘探、施工总包合同中，特别是对地质条件，承包商虽有责任全面了解地质资料，但在合同范围内，并没有进行独立的地勘的合同义务，其对地质条件的理解，更多的是依赖于工程建设第三方合同――地勘单位所提供地质资料，而对于地质资料的真实性与完备性，地勘单位应当负责，而不应由施工承包商来承担其责任。通常合同条款中还有一条“在工程施工过程中，承包商如果遇到了现场气候条件以外的外界障碍或条件，在他看来这些障碍和条件是一个有经验的承包商也无法预见到的，则承包商应就此向监理工程师提交有关通知，并将一份副本交业主。收到此通知后，如果监理工程师认为这类障碍或条件是一个有经验的承包商无法合理预见到的，在与业主和承包商适当协商以后，应给予承包商延长工期和费用补偿的权利，但不包括利润”。基于此款与前款所述“承包商应对他自己对上述资料的解释负责”的两条并存的合同条款，往往会成为合同当事人双方各执一词争议的缘由所在，这一点，在投标过程中应予以必要的重视，投标方在招标文件澄清资料中应予以提出，以便合同当事人的合同权利的保障及合同索赔。

例如：某承包商投标一个中型水电站，合同中要求施工方根据已有的资料自行对围堰进行设计和施工，费用总包。从业主发出招标通知到投标截止日不足一个月，承包方根据初设文件资料对围堰进行了设计，围堰总报价77万元。在施工过程中，承包商施工的防渗墙渗水量较大，承包方在已成型的防渗墙上进行补孔补漏，基坑开挖才得以继续进行，但围堰施工成本达到150万元以上。在基抗开挖完成后承包方发现除河床面存在许多大于2m3的大孤石外，实际河床基岩面高程也比大坝初设图纸标示的基岩高程降低2米，承包商以地表以下地质资料存在错误为由要求索赔，补偿围堰施工增加的防渗墙费用和围堰初期渗水严重造成的抽水费用增加共计78万元。业主以招标文件规定“现场资料中所列出的水文、气象、水文地质、水力学数据，不应认为是十分完备的，承包人在使用这些数据时应进行论证复合，不能因资料中数据造成损失减轻承包人的责任。”为由不予审核。若在投标时承包方提出合同条款有矛盾之处，地表以下的资料不是本合同的范围，即不影响投标，也给后期因地表以下资料错误造成影响的索赔提供了保障。合同当事人在合同中应明确约定，合理的风险预见,即”一个有经验的承包商能够预见的风险”和针对这种风险所采取的措施,如最大的免赔雨量,最大的洪水流量等,即对风险因素给予量化,在这种量化的基础上,实施合同索赔的管理,可以最大限度地避免争议.

②工程中人为障碍引起的索赔。在施工过程中，往往会因为遇到地下构筑物或文物或地下电缆、管道和各种装置，而导致工程费用增加，如原投标是机械挖土，而现场不得不改为人工挖土，只要给定的施工合同、施工图纸末预标明，合同的当事人均可提出索赔，当然地下电缆、管道和各种原安装或所有单位的设施应例外，即对这些地下情况当知且应知的例外。