一、违反施工工程材料剩余如何索赔？

可以协商索赔或者是起诉索赔。施工单位违反合同的约定工程材料剩余的，是属于合同违约的情形，建设单位可以与施工单位协商赔偿问题，协商不成的，可以向法院起诉。

《民法典》

第577条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。

第578条当事人一方明确表示或者以自己的行为表明不履行合同义务的，对方可以在履行期限届满前请求其承担违约责任。

当事人对工程量有争议的，按照施工过程中形成的签证等书面文件确认。

承包人能够证明发包人同意其施工，但未能提供签证文件证明工程量发生的，可以按照当事人提供的其他证据确认实际发生的工程量。

二、如何进行工程索赔？

承包人认为非承包人原因发生的事件造成了承包人的损失，应按以下程序向发包人提出索赔

1．承包人应在知道或应当知道索赔事件发生后28天内，向发包人提交索赔意向通知书，说明发生索赔事件的事由。承包人逾期未发出索赔意向通知书的，丧失索赔的权利；

2．承包人应在发出索赔意向通知书后28天内，向发包人正式提交索赔通知书。索赔通知书应详细说明索赔理由和要求，并附必要的记录和证明材料；

3．索赔事件具有连续影响的，承包人应继续提交延续索赔通知，说明连续影响的实际情况和记录；

4．在索赔事件影响结束后的28天内，承包人应向发包人提交最终索赔通知书，说明最终索赔要求，并附必要的记录和证明材料。

5、建设单位应当按照建设工程项目施工合同的约定，向施工单位及时、足额支付工程款。支付工程款后，应当落实专人，督促、核实施工单位按照劳动合同的约定，向建筑工人及时、足额发放工资款。

所以如果双方在最开始签订的施工工程合同中有材料剩余的赔偿方式就按照合同中来确定，但如果没有最好就是由双方协商，如果是因为其中一方违反了合约导致的材料剩余，那么是需要对方承担违约责任的，如果双方通过协商对方依然不肯赔偿，那么就可以直接向法院起诉。

《中华人民共和国民法典》：第八章　违约责任　　第五百七十八条　当事人一方明确表示或者以自己的行为表明不履行合同义务的，对方可以在履行期限届满前请求其承担违约责任。