手机短信可以作为出轨的间接证据，但是要证明对方出轨，还需要其他证据辅助证明。根据民事诉讼法第六十三条规定，证据包括：1、当事人的陈述；2、书证；3、物证；4、视听资料；5、电子证据；6、证人证言；7、鉴定意见；8、勘验笔录。证据必须查证属实，才可以作为认定事实的依据。配偶从手机短信中发现枕边人有外遇，是可以以此提出离婚申请，不过要作为出轨的证据，就比较困难。在法律上，所谓出轨是指一名已婚人士与非配偶有性行为，而单凭手机短信的内容，是很难证明这一点的。虽然手机短信难以证明配偶有通奸行为，不过当事人却能以“配偶行为不合理”来作为离婚的理由。

手机短信作为证据的法律依据

《民事诉讼法》规定的证据种类包括：书证、物证、视听资料、证人证言、当事人陈述、鉴定结论、勘验笔录等七种。所谓证据，是指依法定程序收集并审查核定，能够证明案件真实情况的根据。手机短信只要符合证据属性，能够“证明案件真实情况”就可以作为证据使用。

《电子签名法》第2条第2款规定，“数据电文是以电子、光学、磁或者类似手段生成、发送、接收或者储存的信息。”第7条规定；“数据电文不得仅因为其是以电子、光学、磁或者类似手段生成、发送、接收或者储存的而被拒绝作为证据使用。”第5条规定：“符合下列条件的数据电文，视为满足法律、法规规定的原件形式要求：

（一）能够有效地表现所载内容并可供随时调取查用；

（二）能够可靠地保证自最终形成时起，内容保持完整、未被更改。

但是，在数据电文上增加背书以及数据交换、储存和赤示过程中发生的形式变化不影响数据电文的完整性。”

手机短信是以手机为信息传播终端与载体的文本或图片，其本质是一种数据信息流，属于数据电文的范畴。可作为证据使用。

《中华人民共和国民事诉讼法》第六十三条证据包括：（一）当事人的陈述；（二）书证；（三）物证；（四）视听资料；（五）电子数据；（六）证人证言；（七）鉴定意见；（八）勘验笔录。证据必须查证属实，才能作为认定事实的根据。