《行政诉讼法》七十四条虽然规定收取诉讼费用的具体办法另行规定，但究竟由哪个机关来另行规定收取诉讼费用的具体办法语焉不详。从字面理解，似乎应为全国人大及常委会另行规定，很难推导出已将此授权最高人民法院。如果说1990年《行政诉讼法》正式实施时，这个问题还有争论的话，那2000年之后就不应有争议了，因为按照《立法法》第八条的规定，诉讼和仲裁制度只能制定法律。诉讼费用制度显然是诉讼制度的当然内容，而不是“法院审判工作中具体应用法律、法令的问题”，因此，只能由全国人大及其常委会制定法律，而不能再由最高人民法院制定收费规则。而且，法院既是收费主体，也是收费规则制定主体，这就决定了其很难制定科学可行的收费办法，更难建立公平合理的诉讼费用制度。毕竟人们很难相信在某种法律关系中享有切身利益的一方当事人能够以公正的立场甚至从保护对方当事人的利益出发制定出合理的规则。所以，由最高人民法院制定行政诉讼费用规则的合法性、公正性、合理性值得怀疑。

其一，现行《行政诉讼法》1989年4月4日通过，但其正式生效是1990年10月1日。由此，即使推定该法七十四条是将收费规则制定权授予给了最高人民法院。此授权也是1990年10月1日生效。而最高法院在1989年6月29日就制定了行政诉讼的收费办法，在收费办法中也没有制定依据，只是含糊其辞地提到“本《办法》中所规定的收费标准，已经国家各有关方面同意”。对此，有学者指出：“1989年的《诉讼收费办法》是最高人民法院为《民事诉讼法》和《行政诉讼法》预先准备的规则。”这显然有悖常理。其二，行政诉讼的性质、目的、宗旨、当事人等都与民事诉讼有重大区别，最高法院无视行政诉讼的特点，制定一部《诉讼收费办法》一统民事诉讼费用规则和行政诉讼费用规则，实际上是将行政诉讼费用制度与民事诉讼费用制度混同，这也有违行政诉讼的法理。

(二)诉讼费用征收的不合理

如前所述，依据最高人民法院的《人民法院诉讼收费办法》的规定，行政案件的当事人得向人民法院交纳案件受理费等种类繁多的诉讼费用。法院几乎把所有的行政审判成本都转嫁给了当事人。在收费范围中，二审案件受理费、执行费用不合理。当事人对一审法院的判决不服而向二审法院上诉，有可能是因为一审法院的违法裁判。如果是基于一审法院违法裁判而导致的上诉，实际上是让当事人来承担了由于法院违法所引起的额外的诉讼成本，此项诉讼费用应由法院承担而不应当由当事人承担。法院判决生效后，胜诉方申请法院执行时，不管执行结果如何，得先交纳一笔执行申请费。在目前“执行难”的背景下，实质上是法院将执行的风险转移给了胜诉方。此外，在二审案件中，二审预交的案件受理费通常与一审相等，法院仍然是根据一审的“争议金额”收取案件受理费。如果双方当事人都上诉，二审法院分别向双方当事人收取案件受理费，实际上是同一个案件收取了双份案件受理费，这完全没有任何道理。还有，二审法院发回重审的，上诉人已交纳的诉讼费用不退还，此规定更是蛮不讲理。

总的来说，目前我国行政诉讼费用的标准过高。其中最不合理的是，行政案件有争议金额的，也参照民事诉讼按财产案件收费标准交纳。对于按比例收费问题，在民事诉讼法学界也有很大争议。如果说在民事诉讼中按比例收费尚有一定合理性，但在行政诉讼中无任何合理性可言。因为行政案件与民事案件不一样，在行政诉讼中法院只审查被诉行政行为的合法性，因此，法院的审理行为与案件的争议金额几乎没有任何关系。正如有学者所言，“案件受理的难度并不与诉讼标的的大小成正比，涉及数以千万计的经济大案，也许其中的是非曲直十分简单，而一桩不起眼的家庭纠纷却可能是劳神费时的棘手案件……因此，以标的额收费除了显示利益驱动的事实之外，没有多少可以摆到桌面上的依据。”其实在行政诉讼中，不论是相对人的一间茅草屋还是一幢别墅被非法征收，也无论是原告的自行车还是小轿车被违法没收，法院都只需依法审查被诉行政行为是否合法，案件受理及审理的难度与行政案件的争议金额没有必然联系。如2004年《最高人民法院公报》第10期所刊登的中国光大银行诉武汉市人民政府不履行法定职责案，一审法院就收取了案件受理费138295元，二审改判案件受理费为100元。在域外，即使实行诉讼有偿主义的国家，大多也是按照定额制来收取行政案件受理费。虽然有少数国家如日本也按比例收取，但备受学界批判。

(三)诉讼费用预交的不合理

在民事诉讼中，由原告预交诉讼费用是基本合理可行的。但是，在行政诉讼中，不考虑行政诉讼的特殊性，也规定由原告预交诉讼费用，并且还规定原告在预交期内未预交又不提出缓交申请的，按自动撤回起诉处理，则显然不合情理。如在非法没收的案件，行政相对人的财产已被行政机关没收，对非法没收行为不服欲到法院寻求公道，但首先得按比例交纳一笔不少的诉讼费用。如果不交纳诉讼费用，法院甚至根本就不受理或按撤诉处理。这对于合法权益受到侵犯的行政相对人来说无异于“雪上加霜”，而对于侵犯相对人权利的行政机关来说可以说是“为虎作伥”。还有请求行政机关履行法定职责案件也是如此。在强大的行政机关面前，相对人通常都是弱者，无论是可支配的资源还是可动用的权力。在提起行政诉讼时，原告承受着巨大的压力，还要预先负担各种诉讼费用，并得承担胜诉后执行不能的风险。

(四)诉讼费用负担的不合理

在民事诉讼中，由败诉方承担诉讼费用的原则也是基本公平合理的。由于各方当事人均是自掏腰包、自负其责，因此可以起到预防滥诉作用和体现一定的制裁功能。但在行政诉讼中这个貌似公平的原则实际上很不合理。因为行政诉讼与民事诉讼不同，行政诉讼当事人一方也就是被告具有特殊性。在行政诉讼中，如果原告败诉，需自行承担诉讼费用;但若被告败诉，是国库负担诉讼费用。不仅如此，在行政诉讼中，无论胜诉与否，原告的其他诉讼支出都要自行承担，而被告的其他诉讼成本却都是国库负担。