1、享有权利的主体不同。申诉是指没有上诉权的当事人及其法定代理人对已经发生法律效力的判决、裁定、调解，认为确有错误，向原审人民法院和上级人民法院提出的重新处理的一种诉讼请求。《刑事诉讼法》第108条第2款、3款规定，“被害人对侵犯其人身、财产权利的犯罪事实或者犯罪嫌疑人，有权向公安机关、人民检察院或者人民法院报案或者控告。公安机关、人民检察院或者人民法院对于报案、控告、举报，都应该接受。对于不属于自己管辖的，应当移送主管机关处理，并且通知报案人、控告人、举报人；对于不属于自己管辖而又必须采取紧急措施的，应当先采取紧急措施，然后移送主管机关。”由此可以得出控告人是被害人及其近亲属或其诉讼代理人。

2、提出的时间不同。申诉人应当是原审当事人、法定代理人、近亲属。申诉是一种补救措施，只发生在判决结果生效以后。控告的目的在于要求依法予以惩处的行为。控告发生在判决以前。

3、针对的对象不同。申诉是事后的补救，申诉的对象是对已经发生法律效力的判决、裁定或者调解。在申诉期间，原判决、裁定不停止执行。如发现申诉有理的，由法院院长提交审判委员会讨论决定是否再审。控告是指向司法机关揭露违法犯罪事实或犯罪嫌疑人，控告的对象是犯罪事实或者犯罪嫌疑人。

二、刑事案件中如何行使申诉和控告的权利？

申诉应当在判决、裁定或调解发生法律效力之后提出，《最高人民法院关于适用的解释》第545条，“向人民法院提出自诉、上诉、申诉、申请等的，应当以书面形式提出。书写有困难的，除另有规定的以外，可以口头提出，由人民法院工作人员制作笔录或者记录在案，并向口述人宣读或者交其阅读。”由此得出申诉的提出的形式可以是口头的也可以是书面的。申诉最迟应在被告人刑罚执行完毕后两年内向人民法院提出。申诉人就同一刑事案件向同一人民法院一般只能申诉一次；对刑事案件申诉，应当提交下列材料：1、申诉状，应当载明当事人的基本情况、申诉的请求、申诉事实与理由；2、原生效刑事判决书、裁定书，经过人民法院复查后再审的，应当附有驳回通知书、再审判决书或裁定书；3、以有新的证据证明原裁判认定的事实确有错误为由申诉的，应当同时附有证据目录、证人名单和主要证据复印件或者照片。

控告的目的在于惩治犯罪，是刑事案件立案材料的主要来源，所以控告是在审判前提出。《刑事诉讼法》第109条，“控告可以以书面或者口头形式提出。属于口头控告的，接待的工作人员应当写成笔录，经宣读无误后，由控告人签名或盖章。接受控告的工作人员应当告知控告人：控告应实事求是，不得诬告陷害他人，并说明诬告应负的法律责任。”提出控告的形式没有限制，可以是口头的也可以是书面的。