自然人转让股权后应将税款向税务管理部门缴纳。

1.个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳20%的个人所得税。也就是股权转让所得个人所得税实行差额征收；

2.自然人股权转让，则按照产权转移书据，转让双方应当按照0.05%缴纳。

一、企业股权转让怎么缴纳税款

企业股权转让按下列规定缴纳税款，具体为：

1、股权转让不征收营业税；

2、企业股权投资转让所得应当纳入企业应纳税所得额，依法缴纳企业所得税；企业股权投资转让所得或损失是指企业因股权投资收回、转让或清算而减去股权投资成本后的余额；

3、企业股权转让所立的书据，双方根据产权转让计算印花税，适用税率为书据所载金额5‰。

根据相关法律规定，有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权；股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。

二、股权转让要交哪些税费

股权转让交印花税、个人所得税、企业所得税。

1、如果属于个人股权转让，按以下规定缴纳税款：一是个人所得税：根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例的规定，如股权转让方是个人的，需要交纳个人所得税。交纳的标准为：按照转让成交价减去当初出资价和费用，按照此差额的20%交纳个人所得税；二是印花税：双方按照股权转让协议金额计收印花税。适用的税率为书据所载的金额的5‰；

2、如果是属于企业股权转让，按以下规定缴纳税款：企业所得税：企业股东转让股权，会涉及企业所得税。企业股权投资转让所得并入企业的应缴税款所得，依法缴纳企业所得税；是印花税：税率与上述一致。

如此以外，根据规定，在股权转让中，单位、个人承受企业股权，企业的土地、房产的权属不发生转移的，不征契税，在增资扩股中，对以土地、房屋权属作价入股或作为出资投入企业的，并发生权属转移的，征收契税。

三、个人独资企业需要交哪些税

个人独资企业需要交增值税、城建税、教育费附加、地方教育附加、个人所得税。报个人所得税的方法：

1、个人股权转让完成交易以后，负有财税纳税义务的转让方或有代扣代缴义务的受让方，应到主管税务机关办理纳税申报，并持完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续；

2、股权转让所得，作为财产转让所得的一种，应按股权转让的收入额减除股权原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额，适用20%的税率，计算缴纳个人所得税。