商标侵权法院调解流程具体如下：根据《民事诉讼法》第八章的规定，我国法院调解的程序大致可分为：调解的开始、当事人协商和调解的结束三个阶段。

（一）法院调解的开始法院调解，商标纠纷案件应由当事人申请调解而开始；或者由一方当事人申请调解，双方当事人同意调解而开始；或者由人民法院依职权建议调解，双方当事人同意而开始。

（二）当事人协商当事人在有关法律原则和具体法律规范的指导下，协商解决争议的具体方案，可以以法院提出的调解方案为基础进行协商，也可以由当事人自己或协助调解人员提出解决争议的方案为基础进行协商。双方经协商一致，达成调解协议。对于商标的赔偿数额而言，在协商时，需要按照以下的顺序确定赔偿数额：

（1）侵权人在侵权期间因侵权所获得的利益。

（2）被侵权人在被侵权期间因被侵权所受到的损失，包括被侵权人为制止侵权行为所支付的合理开支。

（3）协议赔偿额：侵权人因侵权所得利益，或者被侵权人因被侵权所受损失难以确定，当事人就赔偿数额达成协议的，人民法院应当准许。

（4）法定赔偿额：侵权人因侵权所得利益，或者被侵权人因被侵权所受损失难以确定，当事人没有达成协议的，人民法院可以根据当事人的请求或者依职权，根据侵权行为的情节判决给予50万元以下的赔偿。

（三）调解结束调解结束，是指在法院主持下，经过做调解工作和双方当事人反复协商的结果而结束法院调解，法院调解的结果有三种情况，因此，法院调解结束的形式也有三种：

（1）调解成立，制发调解书而结束调解，终了诉讼程序。根据《民事诉讼法》规定：调解达成协议，人民法院应当制作调解书。因此，在法院主持下，双方当事人自愿协商一致，达成了调解协议，其内容经法院审查确认合法，则应由法院制作调解书，送达双方当事人签收后，即发生法律效力，结束调解，终了诉讼程序。

（2）调解成立，制作调解笔录，双方当事人和主持调解的审判人员以及有关人员都在调解笔录上签名或盖章，即发生法律效力，结束调解，终了诉讼程序。

（3）调解不成，及时审判，从而结束法院调解程序。经人民法院调解，双方当事人协商，未能达成协议，或者所达成的协议不合法，经法院指出当事人又不愿改正的，或者调解书送达时一方和双方当事人翻悔、拒绝签收的，都属于调解不成。调解不成的案件，根据《民事诉讼法》的规定，人民法院应当及时判决，以判决的形式结束法院调解。综合上面所说的，侵权商标这种行为是会让商标所有人的利益和权益受损，一般只要造成严重的后果是可以申请法院调解，但也需要收集相关的证据，同时按调解的程序走这样才能保障到法院可以受理，只要调解成功双方就可以不用诉讼的程序进行处理。