企业在对商业秘密进行保护时主要应考虑商业秘密如何管理，保密措施如何采取等问题，具体应从以下几个方面考虑保密措施的实施：

1、确定本企业商业秘密的范围并加以分类;

2、设立或指定专门的商业秘密管理机构并确立管理人员;对于商业秘密文件进行标识并实行分级管理;

3、制定保密规章制度;

4、完善物理性保密措施。

在综合考虑上述几个方面因素的情况下，建议企业可从物质、思想、组织方面分别采取一些合理有效的保密措施。

一、保密协议的内容

1、保密协议形式

在签订保密协议时，双方既可在《劳动合同法》中约定保密条款，也可以订立专门的保密协议。但不管采用哪种方式，都应当采取法定的书面形式，并做到条款清晰明白，语言没有歧义。

2、保密协议内容

（1）明确保密信息范围

用人单位在约定保密内容时，务必把需要保密的对象、范围、内容和期限等明确下来，最好通过列举的方式列明所有需要保密内容，否则很容易因约定不明引发诉讼纠纷。不同的企业和同一企业的不同时期，保密范围、内容也有所变化，用人单位应及时修改保密协议内容。

（2）明确保密主体

商业秘密的保密主体一般仅限于涉密岗位的劳动者，对于保密岗位和技术岗位，要求其不得披露、赠与、转让、销毁或者协助第三人侵犯公司的商业秘密。除上述涉密岗位以外，不必然承担保密义务的劳动者在工作中有意或无意获悉公司秘密时，也应该列入保密主体的范围，承担保密责任。此外，那些掌握了商业秘密的劳动者家属、朋友，对保守商业秘密也应该负有同等义务。

（3）约定保密期限

保密协议中应明确约定保密期限，虽然法律规定劳动者保守秘密的义务不因劳动合同的解除、终止而免除，但由于商业秘密存在过期、被公开或被淘汰的情况，因此最好还是约定保密义务的起止时间，以免引起不必要的纠纷。

（4）明确双方的权利、义务

在保密协议中应明确约定如何使用商业秘密、涉及商业秘密的职务成果的归属、涉密文件的保存与销毁方式等内容，有特殊条款的还应以列举方式进行约定。

（5）谨慎约定竞业限制条款

虽然竞业限制条款可约可不约，但不可否认竞业限制条款是商业秘密有力的保护伞。需要注意的是，必须明确约定竞业限制的期限和义务、经济补偿标准、经济补偿的支付时间以及条款解除的条件，否则稍有不慎，企业就有可能陷入支付高额经济补偿金的危险。

（6）确定纠纷管辖机构

保密协议中可以约定争议解决机构，但争议解决机构必须确定、唯一，不能既约定选择仲裁机构又约定选择法院，不能既约定选择Ａ地又约定选择Ｂ地的仲裁机构或法院，否则该条款无效。

二、保密协议保密主体是谁

保密协议保密主体是：(1)高层管理者，他们往往掌握企业的核心商业秘密;(2)技术研发人员，因工作需要，他们可能了解重要的商业秘密或保密信息;等等。

商业秘密保护主要应针对公司企业的6类关键岗位员工：

(1)高层管理者，他们往往掌握企业的核心商业秘密;

(2)技术研发人员，因工作需要，他们可能了解重要的商业秘密或保密信息;

(3)高级营销人员，他们直接掌握着大量的客户资源;

(4)重要管理岗位的人员，如HR、财务管理、法务管理人员，许多公司关键资料都在他们那里;

(5)秘书人员，其职责是进行会议记录，管理和传发文件，其接触商业秘密的可能性是非常大的。

(6)重要信息员，企业内的各种调研数据等都掌握在他们手里，这主要是针对咨询行业来说。

尽可能限制商业秘密的知悉范围。企业应尽量控制知悉商业秘密的员工人数，也尽可能实行分段或分部接触，各人手上掌握的只是不能独立发挥作用的局部。