一、开设赌场罪法院认定的非法所得不合理该怎么办？

利用赌博机开设赌场违法所得应当没收。

违法所得没收程序

(1)申请的提出：应由犯罪地或犯罪嫌疑人、被告人居住地的市一级检察院，向对应的中级法院提出没收违法所得的申请。如被告人系在审理过程中死亡的，原审理法院也可受理申请。

(2)法院审查、受理：法院对没收违法所得的申请，应在规定期限内审查完毕，决定是否受理。决定受理的，应在规定期限内发出公告。公告范围：应在全国公开发行的报纸或法院的官方网站予以刊登，并在法院公告栏张贴、公示。如法院已掌握犯罪嫌疑人、被告人近亲属和其他利害关系人的联系方式的，应直接告知并记录在案。

(3)犯罪嫌疑人、被告人近亲属、其他利害关系人参加诉讼。上述人等应在公告期内申请参加诉讼，可以委托代理人。其他厉害关系人是指对申请没收的财产主张所有权的人。

(4)审理。公告期满后，法院应组成合议庭进行审理。根据不同情况，法院会作出没收或驳回申请的裁定。

(5)终止审理情形：在审理没收违法所得过程中，犯罪嫌疑人或被告人归案的，应当终止审理。

(6)不服没收或驳回申请裁定的救济：

a、对没收财产的裁定不服的，犯罪嫌疑人、被告人近亲属或其他利害关系人可以在收到裁定书之日起五日内提起上诉;检察院对驳回申请的裁定不服的，也可以在规定期限内提出抗诉。

b、没收违法所得的裁定生效后，犯罪嫌疑人或被告人到案并提出异议的，法院应视情形不同分别处理：原裁定正确的，予以维持;原裁定确有错误的，应撤销原裁定，对涉案财产一并作出处理。

c、依照审判监督程序予以纠正已生效的没收违法所得裁定。

总的来说，刑诉法规定的违法所得没收程序是值得称赞的，有其打击贪污贿赂、恐怖活动犯罪的重大意义。

二、开设赌场罪获利500万,退赃怎么退

1、在刑事诉讼实践中，决定退还赃款赃物的，案件在司法机关的哪个办案程序中，就退还给哪个机关。如果在公安机关侦查阶段，应当退还给公安机关;如果是在检察院侦查或者审查起诉阶段，应当退给检察院;如果是在法院审理阶段，应当退给法院。

2、法律依据：《中华人民共和国刑法》第六十四条：犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。

三、开设赌场罪违法所得如何认定

刑法中的“违法所得”，一般是指犯罪分子因实施违法犯罪活动而取得的全部财物，包括金钱和物品。在具体认定违法所得数额时，应当区分不同情况予以认定：一是司法解释作出明确规定的，应当依据司法解释予以认定。

例如，《最高人民法院关于审理生产、销售伪劣产品刑事案件如何认定“违法所得数额”的批复》规定，“违法所得数额”是指生产、销售伪劣产品获利的数额。二是立法、司法解释没有明确规定的，应当对违法所得作广义上的理解，即不宜限制为获得数额，而是包含经营成本在内的所有违法所得数额。因此，开设赌场罪的“违法所得”可以理解为：从违法经营之日起到违法经营被查处之日止，这段时间的营业收入。

最高院、最高检公安部出具《关于办理网络赌博犯罪案件适用法律若干问题的意见》规定，建立赌博网站后通过提供给他人组织赌博，违法所得数额在3万元以上的和参与赌博网站利润分成，违法所得数额在3万元以上的应认定为《刑法》三百零三条开设赌场罪规定的“情节严重”。