保护小股东合法权利的方法如下：

1、中小股东可以通过单独或者联合行使召集和主持股东会会议的权利，以维护自己的合法权益；

2、中小股东有权依法转让自己的股权；

3、股权优先购买权，这是所有股东享有的一项特权。

一、股东损害公司利益该如何处理

当控股股东利用股东地位侵犯公司利益或中小股东利益时，股东损害公司利益的处理：

1、股东可以依法行使知情权，如查阅董事会、监事会会议纪要、账簿等；

2、股东可以依法行使召集和主持股东会议的权利；

3、股东可以依法转让股权的权利；

4、股东可以依法要求公司以合理的价格收购其股权；

5、股东可以以自己的名义向人民法院提起诉讼，维护公司及其合法权益的权利；

6、股东可以要求人民法院解散公司并要求清算。

二、股东名册是否必须登记

1、没有硬性要求，《公司法》第33条规定：公司应当将股东的姓名或者名称及其出资额向公司登记机关登记。

2、登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。

有限公司的股东权利有：

1、知情权。中小股东要想维护自己的合法权益，首先应当对公司的情况有充分的了解。根据《公司法》第33条的规定，公司股东享有查阅、复制公司章程、股东会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议和财务会计报告的权利，这也是股东全面了解公司情况的首选方法。股东的这些权利是法定的，公司不能拒绝。

2、依法行使召集和主持股东会会议的权利。

3、依法转让股权的权利。根据《公司法》第71的规定：”有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。

股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。

经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。

两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。

公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。“公司股东可以依法享有转让自己所持股权的权利，依法行使转让权也是股东保护自己合法权益的一种方式。

4、行使优先购买权。

5、依法请求公司按照合理的价格收购其股权的权利。

6、以自己的名义维护公司和自己合法权益的权利。

7、请求人民法院解散公司和要求清算的权利。

三、合伙开店一年怎么退股

股权转让一般要求原有股东或者第三人受让股份。依照原公司法，有限责任公司的股东是不能请求公司回购自己所持有的股份的。公司资本的原则资本法定、资本维持、资本不变，要求公司在存续的期间，应当保持与资本额相当的财产。公司资本确定后不能随意改变。允许公司回购股东的股份，将会影响公司资本的充实率。按照资本多数的原则，股权的行使按照所持的股份多少来确定表决权。大股东可能会通过对董事会、监事会、经理等控制公司权利，禁止公司回购股东持有的公司股权，可能会对中小股东的权益造成损害。为了实现公司法保护小股东的价值目标，维护小股东的利益，新公司法规定了有限责任公司的股权回购制度。新公司法规定三种情形之一的，对股东会该项决议投反对票的股东可以请求公司按照合理的价格收购其股权。第一，公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续盈利，并且符合本法规定的分配利润条件的；第二、公司合并、分立、转让主要财产的；第三、公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，股东会会议通过决议修改章程使公司存续的。