一、员工主张两年的加班工资合法吗？

合法的，劳动者可以在工作期间内提出加班工资的诉讼请求，根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条规定：“劳动争议申请仲裁的时效期间为两年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。（第4款）劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。”

加班工资属于“劳动报酬”，适用特殊仲裁时效，劳动者在职期间或劳动关系终止后一年内提出加班工资的请求都是符合仲裁时效规定的。在劳动关系终止或解除一年之后，劳动者逾期提出加班工资主张的，才受到仲裁时效限制。另外，关于工资支付凭证保存期为两年的规定，不能简单地理解为限制劳动者主张加班工资的诉讼时效。

二、法律依据

《工资支付暂行规定》第六条规定：“用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。”根据工资支付凭证保存期为两年的规定，用人单位在这一保存期限内负有保存义务。用人单位履行了保存工资凭证义务，仅表明用人单位完全履行了保存期限内工资凭证所证明的已支付相应劳动报酬这一事实。而在此两年期间之前或之后的工资支付义务（而不是保存义务）并不能当然免责。

事实上，关于工资凭证在内的财务凭证，财政部颁布的《会计档案管理办法》规定了至少3年最长25年的保管期限。劳动者对加班事实负有举证责任。在双方发生争议前两年内的加班事实，劳动者负有举证责任；对争议发生之前超过两年的加班事实，劳动者也负有举证责任。劳动者尽到法律所要求的举证义务，其加班工资的主张就应得到支持。

在考勤记录、劳动合同、工资支付凭证、证人证言、工作记录、用人单位的陈述等证据都可以用来证明加班事实是否存在，其证明力是否充分，并不受所谓用人单位工资凭证保存期2年之限。例如，劳动者主张劳动合同终止或解除前第3年的加班工资，提供的证据包括：劳动合同（约定了劳动者工资）、考勤记录（载有加班的记录）、工资单或银行收入记录（载明的工资收入未超过劳动合同约定工资），再加上同事的证人证言，以及同期的有关加班事实的工作记录等等。

员工在用人单位存在加班的情况的，可以按照法律规定的标准来享受加班工资待遇，对于相关事项的认定，可以提交有关工作的记录以及工资发放证明等情况来进行合法的处理，如果对相关情况的处理不清楚的，可以律师来进行界定。

《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》：第三章　仲裁 第二节　申请和受理　　第二十七条　【仲裁时效】劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。\n前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。\n因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。\n劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。