建筑工程施工合同不能约定管辖。

《中华人民共和国民事诉讼法》第三十三条，下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖：

（一）因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖；

（二）因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖；

（三）因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。

《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十八条：民事诉讼法第三十三条第一项规定的不动产纠纷是指因不动产的权利确认、分割、相邻关系等引起的物权纠纷。

农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。

一、施工合同备案由谁办理

根据《中华人民共和国建筑法》第三十一条规定，（合同备案）发包单位应当在建设工程合同签订的30日内，送工程所在地建设行政主管部门备案。

合同发生重大变更的，发包单位应自合同变更后15个工作日内，将变更协议送原备案机关备案。

同时，根据《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》（建设部第89号令）第47条规定订立书面合同7日内，中标人应当将合同送县级以上建设行政主管部门备案；在施工过程中，各级政府建设工程质量监督管理部门还要对工程建设的质量进行全面监督。日常中施工合同备案是由建设单位办理的，但也存在双方一同办理备案的情况。

二、工程施工合同扰民该怎么办

施工前充分考虑、评估施工扰民的程度与后果，采取必要工程技术措施尽量减少扰民，并划拨合理的补偿经费。进场施工前，应提前通告，并与可能会受到影响的村集体、居委会、业主委员会与居民进行有诚意的沟通与协商。

确定补偿标准与签订补偿协议时，最好取得所在村集体、居委会、业主委员会的理解与支持，并在这些组织的配合下签订协议、发放补偿金。补偿标准的确定应当考虑到当前的生活水准与物价，在法定标准上予以提高，以尽量满足居民的合理要求。在因居民受影响程度不一且无法采取统一补偿标准的情况下，为了防止居民互相攀比、毁约变卦，可以采取一对一协商的方式，必要时在补偿协议中加入保密条款。通过这些事前的预案与措施，可以将产生扰民纠纷的风险降到最低，从而避免在纠纷发生后再采取补救措施所可能要付出的高昂成本。