事实推定是认定国家工作人员巨额财产来源不明的基本方法之一。推定依照是否有法律规定可以分为法律推定和事实推定，前者系法律明确规定如果A现象发生，即确认B事实的存在。如巨额财产来源不明，即依法推定为非法所得，予以定罪处罚。后者是在法律未作明确规定的情况下，根据案件的具体情况所作的推定。当司法机关在办案过程中通过对国家工作人员的财产状况和与其共同生活的家庭成员的财产进行调查和计算，确认国家工作人员实际掌控了多少财产，并与国家工作人员的工资收入及其他合法收入进行比较，发现两者之间的差额巨大时，如果国家工作人员有下列情形的，司法机关可以依照事实推定认定该财产来源不明。一是国家工作人员所说的财产来源因线索不具体等原因，司法机关无法查实，但能排除存在来源合法的可能性和合理性的;二是国家工作人员无法说明财产的来源。

举证责任倒置是认定国家工作人员不能说明巨额财产来源的又一基本方法。本文所称举证责任倒置，简单地说就是要求国家工作人员对其财产的合法性予以证明。反之就承担不利的法律后果。要求国家工作人员对差额巨额财产的合法来源予以自行证明，是由该财产的特殊性决定的，因为这些财产来源渠道的隐秘性及其历时性和多源性(较长时间，具体来源多样)。实行举证责任倒置有利于保护公共职务纯洁性的特殊需要，实现既不冤枉无辜又不放纵犯罪的司法目的。当国家工作人员有以下几种情形时应认定为其不能说明财产来源，该巨额财产系来源不明财产。一是国家工作人员拒不说明差额财产来源，即既不解释该财产的合法的来源，又不交代该财产系贪污受贿所得，面对司法人员的询问三缄其口;二是国家工作人员所说的财产合法来源经司法机关查证并不属实;三是国家工作人员明知真实来源而故意作虚假说明，比较常见的手法就是称该财产为已故父母的遗产或海外亲友赠送，对此，司法机关应调查其已故父母生前的经济状况，是否有可能留下遗产，是否有海外亲友，如果查实其父母生前贫困，不可能有巨额遗产或其根本没有海外亲友，即可确定其说明虚假，认定其不能说明。

当然，国家工作人员对巨额财产来源的举证责任是有限的。他不需要达到充分证明的程度，一般只需合理释明，即符合情理的说明，并在可能的情况下提供有关的证明材料其证明义务就已完成，如国家工作人人员说明了财产的来源，虽其中部分经查属实，而另一部分既不能找到证据否定其的说明，又不能确证说明真实，这种情况不能作为不能说明处理。也就是说并不是要国家工作人员举出足够的证据来证明来源的合法，而是要求国家工作人员说明财产的真实来源，司法机关去查证核实，并不要求国家工作人员对说明的真实性负责。因为举证责任的主体是司法机关，他们必须提供说明不真实的确凿证据，证明行为人提出的财产来源是虚假的，否则，应视为国家工作人员已经说明了财产来源。如张某说明其财产中有15万元是其朋友支付的借款利息，并提供了这些人的姓名，经核查，得到了其中5人的证实，但其他多名证人因外出做生意等暂时无法核实，因此现有证据材料不能排除张有获取此笔财产的可能，这种情形，我们不能认为是行为人未能说明财产来源，而只能认为其已经说明，作合法财产处理。